Spike exchange methods for a Blue Gene/P supercomputer (Hines et al., 2011)

 Download zip file   Auto-launch 
Help downloading and running models
Accession:137845
Tests several spike exchange methods on a Blue Gene/P supercomputer on up to 64K cores.
Reference:
1 . Hines M, Kumar S, Schürmann F (2011) Comparison of neuronal spike exchange methods on a Blue Gene/P supercomputer. Front Comput Neurosci 5:49 [PubMed]
Model Information (Click on a link to find other models with that property)
Model Type: Realistic Network;
Brain Region(s)/Organism:
Cell Type(s):
Channel(s):
Gap Junctions:
Receptor(s):
Gene(s):
Transmitter(s):
Simulation Environment: NEURON;
Model Concept(s): Methods;
Implementer(s): Hines, Michael [Michael.Hines at Yale.edu];
/
Hines2011
dat
t0perf18.10k.16K.80.549+.21.0
t0perf18.10k.32K.80.549+.21.0
t0perf18.10k.64K.80.549+.21.0
t0perf18.10k.8K.80.548.2.0
t0perf19.10k.16K.80.549.9.0
t0perf20.10k.32K.80.549+.9.0
t0perf21.10k.64K.80.549+.9.0
t0perf21.1k.16K.80.549+.15.0
t0perf21.1k.32K.80.549+.15.0
t0perf21.1k.64K.80.549+.15.0
t0perf21.1k.8K.80.547+.3.0
t0perf21.1k.8K.80.548+.0.0
t0perf21.1k.8K.80.549.10.0
t0perf22.10k.128K.80.576+.1.0
t0perf22.1k.16K.80.549.3.0
t0perf23.1k.32K.80.549+.3.0
t0perf24.1k.64K.80.549+.3.0
t1perf18.10k.16K.93.549+.23.0
t1perf18.10k.32K.93.549+.23.0
t1perf18.10k.64K.93.549+.23.0
t1perf18.10k.8K.93.548.4.0
t1perf19.10k.16K.93.549.11.0
t1perf20.10k.32K.93.549+.11.0
t1perf21.10k.64K.93.549+.11.0
t1perf21.1k.16K.93.549+.17.0
t1perf21.1k.32K.93.549+.17.0
t1perf21.1k.64K.93.551.60.0
t1perf21.1k.8K.93.547+.5.0
t1perf22.10k.128K.93.576+.2.0
t1perf22.1k.16K.93.549.5.0
t1perf23.1k.32K.93.549+.5.0
t1perf24.1k.64K.93.549+.5.0
t1perf25.1k.128K.93.576+.3.0
t2perf18.10k.128K.94.577.11.0
t2perf18.10k.16K.94.549+.22.0
t2perf18.10k.32K.94.549+.22.0
t2perf18.10k.64K.94.549+.22.0
t2perf18.10k.8K.94.548.3.0
t2perf19.10k.16K.94.549.10.0
t2perf20.10k.32K.94.549+.10.0
t2perf21.10k.64K.82.552.0.0
t2perf21.10k.64K.86.549+.7.0
t2perf21.10k.64K.90.549+.31.0
t2perf21.10k.64K.94.549+.10.0
t2perf21.1k.128K.94.577.12.0
t2perf21.1k.16K.94.549+.16.0
t2perf21.1k.32K.94.549+.16.0
t2perf21.1k.64K.94.549+.16.0
t2perf21.1k.8K.94.547+.4.0
t2perf22.10k.128K.94.576.2.0
t2perf22.1k.16K.82.551+.0.0
t2perf22.1k.16K.86.550.0.0
t2perf22.1k.16K.90.552.0.0
t2perf22.1k.16K.94.549.4.0
t2perf22.1k.16K.94.550.0.0
t2perf23.1k.32K.94.549+.4.0
t2perf24.1k.64K.94.549+.4.0
t2perf25.1k.128K.94.576.0.0
t3perf18.10k.128K.83.577.10.0
t3perf18.10k.16K.83.551.60.0
t3perf18.10k.32K.83.551.61.0
t3perf18.10k.64K.83.551.62.0
t3perf18.10k.8K.83.551.60.0
t3perf19.10k.16K.83.551.62.0
t3perf20.10k.32K.83.551.63.0
t3perf21.10k.64K.83.549+.32.0
t3perf21.10k.64K.87.549+.6.0
t3perf21.1k.128K.83.577.13.0
t3perf21.1k.16K.83.549+.40.0
t3perf21.1k.32K.83.551.60.0
t3perf21.1k.64K.83.551.61.0
t3perf21.1k.8K.83.551.61.0
t3perf22.10k.128K.83.576+.0.0
t3perf22.1k.16K.83.551+.0.0
t3perf23.1k.32K.83.551.62.0
t3perf24.1k.64K.83.549+.24.0
t3perf24.1k.64K.87.542.0
t3perf25.1k.128K.83.576.1.0
                            
NEURON -- VERSION 7.2 twophase_multisend (549:08f55733e693) 2010-12-15
 '--prefix=/home/hines/neuron/replay' '--with-nrnpython' '--enable-bluegeneP' '--with-paranrn' '--with-multisend=allreplay' '--host=powerpc64-suse-linux' 'BG_BASE=/home/hines/BGP/IBM_V1R4M2/bgp/comm' 'BGlinux=/bgsys/drivers/ppcfloor/gnu-linux' 'CC=/home/hines/BGP/IBM_V1R4M2/bgp/comm/comm/bin/mpixlc' 'CXX=/home/hines/BGP/IBM_V1R4M2/bgp/comm/comm/bin/mpixlcxx' 'host_alias=powerpc64-suse-linux'
/home/hines/perf1/powerpc64/special -mpi -c ncellpow=15 -c done=0 init.hoc -c {xopen("temp.hoc")} -c finish()
methodinfo 80
nhost 16384
MemSize 536870912
UsedMem 141789624
FreeMem 395081288
use2interval = -1
ncellpow = 19
ncon = 10000
nconrange = 100
mininvl = 20
maxinvl = 40
ranoffset_ = 1
connect_random_low_offset_ = 1
run_random_low_offset_ = 2
n_xcell = 0
use2phase = 0
burstfactor = 0.2
burstdur = 50
burstsize = 0
bgpdma = 0
compress_bufsize = 10
series = 1
binqueue = 1
selfqueue = 1
tstop = 200
spkfile = 0
done = 0
setuptime = 0.2
mkmodel_time = 8.32
setup_method_time = 0.37
set_maxstep_time = 0.15
stdinit_time = 0.2
runtime = 7.05
methodrun_time = 7.61
elapsed_time = 138.31
jobid = 0
seq = 9
@@@end header@@@
1207
554924658
555513929
558003395
0
0
558005869
558440670
558451342
560599303
0
0
560600869
560758695
560798741
562943577
0
0
562944893
563100952
563137195
565280895
0
0
565282413
565439086
565471967
567620415
0
0
567621629
567777978
567828277
569965811
0
0
569967321
570123650
570178291
572315579
0
0
572316921
572473460
572517367
574655371
0
0
574656913
574813170
574864139
577008419
0
0
577009553
577166864
577202139
579354707
0
0
579355905
579513950
579542981
581678511
0
0
581679825
581837436
581947771
584093895
0
0
584095305
584250622
584307195
586447937
0
0
586449157
586606518
586648519
588786175
0
0
588787877
588945178
588983993
591124677
0
0
591126039
591283904
591327921
593470891
0
0
593472129
593629768
593689779
595833559
0
0
595834997
595993046
596090289
598234395
0
0
598235889
598393060
598428539
600573959
0
0
600575357
600734170
600773487
602926003
0
0
602927485
603084134
603147493
605289015
0
0
605290569
605481644
605508229
607640559
4
26316
627621201
649054909
650500553
652656087
1
26263
672672261
694161697
695416077
697578793
1
26235
717504077
738829995
740306753
742473399
1
26406
762623381
784182381
785543915
787697219
1
26057
807839057
829450307
830077569
832230193
2
26041
852194863
873571197
874581565
876733713
1
26232
896911981
918530439
919484573
921635129
1
26134
941997137
963889323
964255153
966406383
1
26221
986455597
1007941931
1009214035
1011365009
1
25990
1031395799
1052865011
1053757369
1055910731
1
26256
1076176589
1097924663
1098655853
1100808459
1
26050
1120725049
1142052065
1143220817
1145373527
2
26221
1165424109
1186933213
1188067213
1190221851
2
26080
1210176615
1231563051
1232653229
1234822535
2
26318
1254790531
1276234753
1277670915
1279836863
2
26410
1300105885
1321890795
1322873955
1325025607
2
26188
1345114281
1366480807
1367499985
1369654875
2
26291
1389676697
1411209225
1412484498
1414651739
2
26248
1434704017
1456054701
1457497041
1459655411
2
26331
1479855689
1501400655
1502741661
1504905303
0
695
1505862133
1506815051
1507006527
1509163849
0
1964
1511342689
1513034203
1513322735
1515487039
0
3265
1518831537
1521678735
1521966877
1524126351
0
4460
1528371649
1532072343
1532554971
1534710299
0
5836
1540107675
1545037243
1545529487
1547685863
0
7212
1554117987
1560119279
1560637007
1562799887
0
8483
1570234101
1577349439
1577785343
1579947327
0
9853
1588318151
1596445665
1597115315
1599273343
0
11144
1608580891
1617698343
1618498059
1620661967
0
12396
1630972753
1641314095
1641844979
1644001417
0
13781
1655193875
1666527989
1667362555
1669517547
1
15144
1681647183
1694038121
1694898589
1697055443
1
16128
1710060397
1723531853
1724152269
1726302223
2
17771
1740470129
1755387189
1755904171
1758064019
1
19216
1773000857
1788652155
1789848549
1792000535
2
20266
1807749603
1824476027
1825416061
1827575251
4
21443
1844184665
1861775595
1862813895
1864977891
2
22994
1882695733
1901882747
1902571491
1904729779
4
24149
1923196777
1943052585
1944117317
1946274039
1
25552
1965702691
1986580847
1987783999
1989937659
4
25571
2009442819
2030534091
2031517183
2033672693
0
24221
2052162801
2072075171
2073070615
2075222521
2
23406
2093241405
2112514379
2113498757
2115658989
0
22005
2132703265
2150947051
2151676923
2153830663
0
20911
2170002271
2187158655
2188339939
2190505085
0
20118
2206230949
2222829427
2223692813
2225846211
0
19133
2240780747
2256543711
2257518205
2259674643
0
18230
2273979105
2289015479
2289940233
2292094031
1
17480
2305952109
2320485863
2321201907
2323369855
0
16668
2336615749
2350372503
2351285885
2353449727
1
16100
2366267441
2379510447
2380410479
2382571415
1
15501
2395081641
2407986319
2408613129
2410769285
0
14891
2422866731
2435173519
2435865343
2438022787
1
14593
2449913503
2462031295
2462722141
2464880495
2
14016
2476315659
2488098215
2488751243
2490910235
3
13752
2502163157
2513662633
2514455269
2516610303
0
13539
2527871625
2539161645
2539673215
2541828671
2
13317
2552805273
2563903639
2564567087
2566728155
1
13317
2577563065
2588323847
2589508237
2591661451
0
12961
2602385657
2613122209
2613846679
2616000475
0
13818
2627325841
2638748409
2639538441
2641689491
1
14906
2653743005
2666012765
2666914395
2669068785
1
15904
2681960469
2695088427
2695938431
2698090391
0
16847
2711646705
2725642111
2726287633
2728446911
2
17719
2742572637
2757279103
2758035387
2760188911
1
18473
2774917953
2790147891
2790993035
2793145171
2
18968
2808088943
2823663403
2824684039
2826834355
1
19470
2842205257
2858321797
2859329099
2861485893
2
19808
2876980037
2893205505
2894297133
2896451091
1
20094
2912324857
2928876187
2929714773
2931866927
0
20163
2947676723
2964210315
2965175899
2967330799
1
20438
2983374513
3000231249
3001260083
3003420659
1
20311
3019536433
3036460023
3037007399
3039155831
2
20201
3055018781
3071719155
3072605645
3074762047
1
20170
3090635829
3107400995
3108114399
3110276011
2
19654
3125807365
3142148279
3142915243
3145077611
1
19520
3160367959
3176370583
3177471301
3179620895
1
18985
3194630395
3210260405
3211023299
3213182897
2
18356
3227642905
3242727095
3243787449
3245953615
0
17682
3259868717
3274228051
3275397823
3277556863
1
17182
3291279757
3305528599
3306481515
3308642425
0
16418
3321845981
3335420369
3336266489
3338422179
1
16393
3351526205
3364977851
3366043807
3368198387
0
15975
3381153193
3394579463
3395148491
3397312237
1
15753
3410026929
3423121649
3423901991
3426059195
2
15490
3438666479
3451615337
3452262737
3454407983
1
15527
3466865957
3479639475
3480591159
3482745905
3
15727
3495496665
3508615081
3509246015
3511407731
2
15572
3523921955
3536684653
3537760975
3539920277
0
15707
3552675577
3565793775
3566309009
3568466631
2
15893
3581222637
3594352761
3595245143
3597397495
0
16287
3610442613
3623839639
3624745621
3626898267
0
16428
3640251145
3653997359
3654433981
3656590107
0
16789
3670084771
3684042807
3684731517
3686891359
1
16984
3700306205
3714231559
3715335037
3717484899
3
17505
3731365129
3745762715
3746724515
3748886213
2
17733
3763041761
3777719423
3778494683
3780658019
1
17948
3794910309
3809861503
3810672961
3812827803
1
18192
3827026877
3841756315
3843084419
3845239295
0
18412
3859808409
3874987613
3875812403
3877969495
1
18623
3892726409
3908140887
3908939263
3911094199
1
18685
3925939179
3941418521
3942197105
3944348023
1
18687
3959327317
3974976719
3975421618
3977572853
3
18982
3992419909
4007998995
4009184467
4011339011
1
18842
4026170713
4041598155
4042618623
4044778065
1
18536
4059331483
4074475279
4075569897
4077721395
1
18545
4092504029
4107924491
4108538583
4110708679
1
18254
4125308483
4140487507
4141185081
4143340827
1
18152
4157808365
4172926635
4173667983
4175820727
0
17961
4190195031
4205122067
4205833925
4207989581
1
17687
4221956387
4236482867
4237589495
4239748447
1
17252
4253570581
4267895989
4268831293
4270985907
1
17322
4284838561
4241769
4929443
7086931
1
17042
20489889
34294517
35678261
37839799
2
16815
51517565
65619019
66016225
68167931
0
16818
81600493
95490501
96564065
98729781
1
16551
111986137
125567929
126516181
128684891
0
16717
142149659
156110299
156856703
159011983
1
16515
172355775
186126463
186646185
188805073
1
16884
202416175
216530115
217054953
219205381
1
16535
232376581
245936671
246923143
249080055
2
16701
262547133
276486675
277113469
279281205
1
16895
292854783
306937551
307628155
309784155
3
17077
323359199
337395451
338415293
340568173
1
17039
354177561
368240229
369092029
371252053
4
17252
385012617
399319873
400166621
402317835
1
17333
416054713
430204981
431346955
433505083
0
17503
447358913
461709541
462755603
464911711
0
17685
479062267
493738311
494427369
496580815
1
17840
510763529
525586135
526532692
528693901
0
17967
543020087
557934551
558689667
560842175
1
18250
575313397
590321535
591304147
593468659
0
17808
607637965
622383619
623201189
625366307
1
18060
639545225
654277879
655527973
657688535
0
17844
671930489
686735535
687457941
689609547
3
18069
703855533
718565117
719699863
721848347
0
17966
736136901
750984701
751786313
753936975
1
18150
768387229
783422593
784194177
786344087
0
17699
800495793
815168421
815900969
818049347
3
17692
832096421
846812887
847614289
849766435
1
17673
863839057
878400345
879309117
881462309
2
17898
895782021
910657187
911315161
913477255
0
17390
927295629
941557027
942532405
944695307
2
17591
958574601
972896821
974040291
976201099
0
17172
989812545
1003893031
1005039993
1007195463
3
17324
1020916113
1035258929
1036149995
1038310159
0
17218
1052101533
1066368451
1067250365
1069403891
1
16940
1082904665
1096914983
1097726421
1099880755
2
17069
1113481357
1127507763
1128521015
1130676363
2
17332
1144424177
1158656427
1159639541
1161798807
1
16955
1175306889
1189310779
1190144597
1192300371
0
17113
1206068623
1220410979
1220897893
1223059927
0
17064
1236754471
1250943825
1251749405
1253912327
2
17266
1267742265
1282075299
1282679389
1284838387
0
17001
1298539689
1312718119
1313294281
1315448847
1
17237
1329335617
1343722803
1344169537
1346334507
2
17315
1360180709
1374552843
1375350426
1377499663
1
17553
1391390645
1405774023
1406743439
1408904451
1
17423
1422851329
1437279491
1438028709
1440190575
2
17543
1454278081
1468922615
1469766487
1471930379
0
17609
1485867457
1500338129
1501364559
1503526591
1
17846
1517646481
1532279329
1533262037
1535415235
0
17502
1549254513
1563555899
1564750661
1566907599
1
17618
1580953717
1595505027
1596268063
1598421975
0
17767
1612552471
1627259795
1628148479
1630307283
0
17681
1644389863
1659132055
1659911655
1662066643
2
17808
1676311277
1691173799
1691803707
1693969299
2
17713
1708039573
1722661771
1723549545
1725712975
1
17788
1739855385
1754598623
1755549009
1757704619
1
17750
1771757761
1786321557
1787323283
1789485477
2
17466
1803426437
1817941579
1818634229
1820779913
1
17470
1834620215
1848928091
1850049573
1852207623
1
17652
1866075559
1880394511
1881639233
1883791919
2
17755
1897792445
1912326559
1913375005
1915536953
0
17604
1929390075
1943711297
1944984281
1947142639
1
17336
1960974957
1975424021
1976120819
1978275081
2
17579
1992392345
2007147979
2007576405
2009724567
2
17286
2023485133
2037807793
2038692085
2040849279
2
17437
2054533829
2068525837
2069782845
2071933507
3
17197
2085680929
1.17647058823529e-09

0

Loading data, please wait...