Spike exchange methods for a Blue Gene/P supercomputer (Hines et al., 2011)

 Download zip file   Auto-launch 
Help downloading and running models
Accession:137845
Tests several spike exchange methods on a Blue Gene/P supercomputer on up to 64K cores.
Reference:
1 . Hines M, Kumar S, Schürmann F (2011) Comparison of neuronal spike exchange methods on a Blue Gene/P supercomputer. Front Comput Neurosci 5:49 [PubMed]
Model Information (Click on a link to find other models with that property)
Model Type: Realistic Network;
Brain Region(s)/Organism:
Cell Type(s):
Channel(s):
Gap Junctions:
Receptor(s):
Gene(s):
Transmitter(s):
Simulation Environment: NEURON;
Model Concept(s): Methods;
Implementer(s): Hines, Michael [Michael.Hines at Yale.edu];
/
Hines2011
dat
t0perf18.10k.16K.80.549+.21.0
t0perf18.10k.32K.80.549+.21.0
t0perf18.10k.64K.80.549+.21.0
t0perf18.10k.8K.80.548.2.0
t0perf19.10k.16K.80.549.9.0
t0perf20.10k.32K.80.549+.9.0
t0perf21.10k.64K.80.549+.9.0
t0perf21.1k.16K.80.549+.15.0
t0perf21.1k.32K.80.549+.15.0
t0perf21.1k.64K.80.549+.15.0
t0perf21.1k.8K.80.547+.3.0
t0perf21.1k.8K.80.548+.0.0
t0perf21.1k.8K.80.549.10.0
t0perf22.10k.128K.80.576+.1.0
t0perf22.1k.16K.80.549.3.0
t0perf23.1k.32K.80.549+.3.0
t0perf24.1k.64K.80.549+.3.0
t1perf18.10k.16K.93.549+.23.0
t1perf18.10k.32K.93.549+.23.0
t1perf18.10k.64K.93.549+.23.0
t1perf18.10k.8K.93.548.4.0
t1perf19.10k.16K.93.549.11.0
t1perf20.10k.32K.93.549+.11.0
t1perf21.10k.64K.93.549+.11.0
t1perf21.1k.16K.93.549+.17.0
t1perf21.1k.32K.93.549+.17.0
t1perf21.1k.64K.93.551.60.0
t1perf21.1k.8K.93.547+.5.0
t1perf22.10k.128K.93.576+.2.0
t1perf22.1k.16K.93.549.5.0
t1perf23.1k.32K.93.549+.5.0
t1perf24.1k.64K.93.549+.5.0
t1perf25.1k.128K.93.576+.3.0
t2perf18.10k.128K.94.577.11.0
t2perf18.10k.16K.94.549+.22.0
t2perf18.10k.32K.94.549+.22.0
t2perf18.10k.64K.94.549+.22.0
t2perf18.10k.8K.94.548.3.0
t2perf19.10k.16K.94.549.10.0
t2perf20.10k.32K.94.549+.10.0
t2perf21.10k.64K.82.552.0.0
t2perf21.10k.64K.86.549+.7.0
t2perf21.10k.64K.90.549+.31.0
t2perf21.10k.64K.94.549+.10.0
t2perf21.1k.128K.94.577.12.0
t2perf21.1k.16K.94.549+.16.0
t2perf21.1k.32K.94.549+.16.0
t2perf21.1k.64K.94.549+.16.0
t2perf21.1k.8K.94.547+.4.0
t2perf22.10k.128K.94.576.2.0
t2perf22.1k.16K.82.551+.0.0
t2perf22.1k.16K.86.550.0.0
t2perf22.1k.16K.90.552.0.0
t2perf22.1k.16K.94.549.4.0
t2perf22.1k.16K.94.550.0.0
t2perf23.1k.32K.94.549+.4.0
t2perf24.1k.64K.94.549+.4.0
t2perf25.1k.128K.94.576.0.0
t3perf18.10k.128K.83.577.10.0
t3perf18.10k.16K.83.551.60.0
t3perf18.10k.32K.83.551.61.0
t3perf18.10k.64K.83.551.62.0
t3perf18.10k.8K.83.551.60.0
t3perf19.10k.16K.83.551.62.0
t3perf20.10k.32K.83.551.63.0
t3perf21.10k.64K.83.549+.32.0
t3perf21.10k.64K.87.549+.6.0
t3perf21.1k.128K.83.577.13.0
t3perf21.1k.16K.83.549+.40.0
t3perf21.1k.32K.83.551.60.0
t3perf21.1k.64K.83.551.61.0
t3perf21.1k.8K.83.551.61.0
t3perf22.10k.128K.83.576+.0.0
t3perf22.1k.16K.83.551+.0.0
t3perf23.1k.32K.83.551.62.0
t3perf24.1k.64K.83.549+.24.0
t3perf24.1k.64K.87.542.0
t3perf25.1k.128K.83.576.1.0
                            
NEURON -- VERSION 7.2 twophase_multisend (549+:08f55733e693+) 2010-12-15
 '--prefix=/home/hines/neuron/replay' '--with-nrnpython' '--enable-bluegeneP' '--with-paranrn' '--with-multisend=allreplay' '--host=powerpc64-suse-linux' 'BG_BASE=/home/hines/BGP/IBM_V1R4M2/bgp/comm' 'BGlinux=/bgsys/drivers/ppcfloor/gnu-linux' 'CC=/home/hines/BGP/IBM_V1R4M2/bgp/comm/comm/bin/mpixlc' 'CXX=/home/hines/BGP/IBM_V1R4M2/bgp/comm/comm/bin/mpixlcxx' 'host_alias=powerpc64-suse-linux'
/home/hines/perf1/powerpc64/special -mpi -c runs=2 runs.hoc
methodinfo 80
nhost 32768
MemSize 536870912
UsedMem 169447112
FreeMem 367423800
use2interval = -1
ncellpow = 20
ncon = 10000
nconrange = 100
mininvl = 20
maxinvl = 40
ranoffset_ = 1
connect_random_low_offset_ = 1
run_random_low_offset_ = 2
n_xcell = 0
use2phase = 0
burstfactor = 0.2
burstdur = 50
burstsize = 0
bgpdma = 0
compress_bufsize = 10
series = 1
binqueue = 1
selfqueue = 1
tstop = 200
spkfile = 0
done = 0
setuptime = 0.73
mkmodel_time = 8.41
setup_method_time = 0.51
set_maxstep_time = 0.16
stdinit_time = 0.2
runtime = 8.51
methodrun_time = 9.23
elapsed_time = 204.25
jobid = 0
seq = 9
@@@end header@@@
1207
1968158726
1968908573
1973730403
0
0
1973734409
1974163466
1974175970
1978383285
0
0
1978384713
1978551774
1978613055
1982823427
0
0
1982824577
1982985756
1983089344
1987279661
0
0
1987280897
1987444252
1987494845
1991715665
0
0
1991716893
1991880026
1992150959
1996359511
0
0
1996360581
1996523416
1996612615
2000815513
0
0
2000816817
2000978232
2001062707
2005261547
0
0
2005262821
2005426262
2005524495
2009692529
0
0
2009693901
2009856032
2009935707
2014162359
0
0
2014163685
2014327744
2014396455
2018619943
0
0
2018621149
2018786014
2018861541
2023084007
0
0
2023085425
2023249906
2023332177
2027523837
0
0
2027525073
2027689612
2027737657
2031935359
0
0
2031936509
2032099046
2032166841
2036369537
0
0
2036370801
2036535010
2036651453
2040866259
0
0
2040867721
2041030906
2041107995
2045296133
0
0
2045297393
2045462334
2045515883
2049741299
0
0
2049742749
2049905686
2049964165
2054174979
0
0
2054176173
2054340848
2054429147
2058621427
0
0
2058623137
2058785734
2058871785
2063077087
0
0
2063078389
2063273506
2063337011
2067544735
2
52209
2092567297
2114304687
2116288207
2120483023
1
52608
2145639453
2167539859
2170049165
2174269237
2
52442
2199359119
2221117975
2223551809
2227732513
1
52475
2253001669
2275008571
2276951477
2281151097
2
52267
2306284873
2328152483
2330261419
2334426105
1
52500
2359698477
2381750235
2383630997
2387838281
2
52407
2412775157
2434426817
2436896035
2441071979
1
52521
2466442967
2488522619
2490475437
2494681197
2
52163
2520016557
2542116463
2543618755
2547839397
1
52540
2573001453
2594905661
2597084687
2601296903
3
52544
2626463861
2648321233
2650637443
2654838555
1
52251
2679885539
2701662927
2703915421
2708119133
2
52510
2733273551
2755090455
2757533213
2761719387
1
52389
2787038159
2809080679
2811059211
2815248271
2
52446
2840528185
2862615491
2864543894
2868710369
2
52476
2893767931
2915508327
2918057999
2922223267
2
52349
2947382173
2968913239
2971132645
2975376045
1
52380
3000643129
3022732355
3024119981
3028299777
2
52598
3053577785
3075644291
3077041183
3081253735
1
52501
3106431929
3128324223
3129986669
3134173313
0
1254
3135675163
3136628171
3136716489
3140921437
0
3943
3144221115
3145877791
3146283351
3150517641
0
6516
3155330121
3158207771
3158487859
3162689675
0
8998
3168868577
3172760587
3173168832
3177374773
0
11955
3185000593
3190166247
3190621813
3194823257
0
14291
3203479125
3209613823
3210159999
3214340163
4
16894
3224236233
3231536199
3232030797
3236263873
1
19485
3247252693
3255504739
3256170637
3260358705
0
22396
3272633671
3282158803
3282887875
3287105105
0
25027
3300472567
3311095807
3311809505
3316016809
3
27635
3330427631
3342124547
3342810309
3347015593
4
30226
3362491941
3375204595
3376158509
3380340987
1
32810
3396761689
3410430919
3411696647
3415905895
0
35234
3433408899
3448178041
3449338027
3453495609
0
37853
3472061383
3487849027
3489161351
3493369057
0
40780
3513222253
3530402931
3531410928
3535604241
0
43376
3556414561
3574501357
3575701342
3593452844
0
45882
3615076039
3634148685
3635649221
3640444159
0
48379
3663236545
3683335393
3684855080
3702596284
0
51048
3726436233
3747807345
3749210083
3767417100
0
51155
3791268269
3812637315
3814212939
3819002981
0
48732
3842189245
3862765967
3863791161
3867996905
0
46142
3889792213
3908952315
3910640635
3914817741
1
44510
3936282027
3955126591
3956009745
3960200625
0
41751
3980495757
3998067579
3999146427
4003363945
2
40085
4022813433
4039555379
4040730485
4044904619
2
38313
4063707867
4079874661
4080987345
4085178683
4
36480
4103184277
4118421739
4119851335
4124048475
2
34762
4141425337
4156053887
4157058965
4161266461
1
33492
4178125775
4192250791
4193251343
4197416769
4
31961
4213835345
4227504591
4228157744
4232378765
1
30553
4248124061
4261141917
4261965313
4266124305
2
30015
4281545881
4294114745
248271
4482387
2
28977
19593513
31780107
32784321
36977563
1
28390
51960369
63990699
64762175
68982347
0
27666
83689167
95472867
96172277
100402615
1
27247
114918031
126498203
127206909
131392879
2
27006
145688541
157021305
158124707
162332383
0
26230
176454481
187599673
188410673
192626449
2
26329
206760989
217864215
218716733
222908767
0
27313
237319543
248684215
249875898
254070975
0
29645
269759827
282441687
283001279
287222419
0
31693
303512931
316739739
317849904
322039621
0
33967
339328703
353627115
354735373
358942915
1
35363
376828203
391578211
392772645
396974581
0
36600
415485969
430947535
431924842
436120323
1
38045
455185567
471221775
472282983
476442707
2
39165
495917563
512362891
513496181
517710831
2
39670
537285925
553833321
555203751
559398499
0
40359
579406379
596277189
597478503
601671589
1
40275
621676857
638577827
639675553
643853893
0
40726
664158627
681345739
682126981
686302419
1
40577
706310741
723349227
724558621
728732939
2
40530
748640993
765530973
766869243
771092471
2
39969
790719693
807240143
809010631
813195765
2
39631
832963189
849705883
850673975
854859193
2
38402
874084973
890231395
891225119
895406615
0
37673
914206535
930025479
931156336
935316997
1
36580
953780037
969190111
970191817
974384625
1
35356
992340149
1007254747
1008052387
1012254541
0
34535
1029634589
1043921901
1045276837
1049490699
0
33560
1066670989
1080838219
1081703898
1085908561
0
32691
1102632367
1116377059
1117497837
1121699495
1
31855
1138203207
1151706679
1152482779
1156712935
1
31358
1172948025
1186251835
1187022011
1191219105
5
31316
1207309923
1220451157
1221524409
1225724217
0
31084
1241825081
1254931627
1255875870
1260056519
1
30831
1275795229
1288511047
1290029815
1294233219
0
31381
1310484539
1323813431
1324654443
1328864523
2
31531
1345202689
1358570741
1359329973
1363531069
1
32148
1380074895
1393629455
1394558281
1398788131
0
32529
1415549351
1429361777
1430318069
1434506769
3
33332
1451664197
1465826175
1466579085
1470742245
1
33526
1487890645
1502067311
1502941999
1507105365
0
34200
1524543345
1539003731
1539848739
1544007325
1
34589
1561549153
1576147963
1577086381
1581262513
2
35343
1599014823
1613720461
1615037970
1619208805
0
35515
1636900955
1651487969
1653187095
1657376325
0
36203
1675585623
1690828651
1691859181
1696049959
1
36741
1714473911
1729876267
1731026593
1735210903
0
37431
1753957951
1769677287
1770795786
1774997857
1
37768
1793777405
1809484339
1810803731
1814984679
0
37888
1834128709
1850302095
1850951617
1855162529
1
37493
1873853837
1889545689
1890832771
1894988989
2
37609
1913628169
1929299319
1930625606
1934827449
2
37129
1953413007
1968981905
1970160873
1974372909
1
37176
1992956851
2008540553
2009664665
2013862705
3
36518
2032192893
2047490459
2048629885
2052816613
1
35914
2070891447
2085940823
2087083125
2091277547
1
35733
2109311623
2124429453
2125461999
2129654147
1
35324
2147651217
2162629995
2163489779
2167706579
1
34894
2185511825
2200276479
2201182759
2205379279
1
34366
2222741001
2237084797
2238448105
2242636677
1
34311
2259957639
2274253977
2275617593
2279778041
0
33528
2297086311
2311404363
2312107895
2316313299
2
33792
2333789621
2348287487
2348851765
2353036295
1
33322
2369983763
2383970653
2385060739
2389265419
2
33527
2406501925
2420711431
2421593715
2425799077
0
33025
2442626057
2456438267
2457566029
2461752055
0
33466
2478666813
2492492259
2493930793
2498124411
1
33288
2515085401
2529085561
2530260839
2534496759
1
33571
2551627419
2565763043
2566863579
2571056079
0
33832
2588205009
2602314441
2603573961
2607768097
2
33712
2624904493
2639013583
2640175937
2644374325
1
34061
2661676671
2675924287
2677124743
2681342781
0
34705
2699023441
2713668511
2714592429
2718837381
1
34513
2736475511
2751112807
2752020815
2756251971
2
35131
2773941205
2788616287
2789848882
2794058737
1
35199
2811901739
2826714541
2827617437
2831804803
2
35539
2849809633
2864979243
2865985119
2870153559
1
35618
2888206525
2903207671
2904193761
2908415969
1
35637
2926412617
2941350131
2942520189
2946682359
1
36074
2964726909
2979694897
2981098447
2985304777
1
35946
3003563821
3018751439
3019607215
3023818971
1
36265
3041976353
3057027181
3058491523
3062712233
1
36215
3081103873
3096479135
3097273287
3101463209
2
36081
3119609177
3134718295
3135943253
3140169659
2
35923
3158490405
3173727211
3174570475
3178791275
1
35864
3196734225
3211638903
3213020929
3217219171
2
35697
3235340931
3250387943
3251310111
3255530183
0
35485
3273328825
3288110511
3289433251
3293637439
0
35268
3311408945
3326131969
3327358665
3331544747
1
34793
3349297797
3363948523
3364843901
3369006953
0
35053
3386808049
3401612931
3402652701
3406825641
2
34800
3424332657
3438829259
3440210661
3444384279
1
34338
3462084997
3476781587
3477313789
3481511043
0
34068
3498841729
3513186961
3514153319
3518347571
1
34027
3535643907
3549898341
3551041183
3555234157
1
34207
3572742421
3587269131
3588027017
3592219131
2
34086
3609743099
3624355415
3624869145
3629118089
2
34250
3646541013
3661057431
3662012045
3666197665
2
34027
3683425501
3697627099
3698953377
3703138675
0
34499
3720740935
3735316603
3736279507
3740490597
0
34221
3757890057
3772274443
3773262239
3777475569
1
34561
3794957141
3809384979
3810619587
3814829089
1
34656
3832296913
3846692785
3848074491
3852282363
0
34848
3870158537
3885037395
3885632335
3889838491
3
34914
3907524861
3922230313
3923213325
3927429331
3
34757
3945124469
3959779819
3960673697
3964885065
0
35074
3982592869
3997247993
3998432025
4002605249
0
35353
4020445115
4035308231
4036471767
4040682381
3
35246
4058464881
4073206447
4074346897
4078540389
2
35668
4096413727
4111123571
4112642719
4116873175
0
35331
4134910291
4149854899
4150656375
4154831289
1
35283
4172819589
4187753919
4188547917
4192740389
0
35712
4210879443
4226012207
4226864334
4231043317
1
35483
4248959239
4263916923
4264943419
4269134275
3
35455
4287013841
6878787
8101373
12295463
1
35652
30284395
45351087
46444169
50643575
2
35359
68490631
83229107
84367559
88560921
0
35235
106555609
121519951
122167003
126348425
1
35301
144163407
158866335
160210507
164404621
0
35066
181987573
196541335
198031034
202191595
1
35022
219856047
234454835
235796727
240017787
1
34832
257714379
272372639
273506909
277707379
0
34490
295266945
309811635
310791535
315013373
2
34530
332520667
347027747
348057453
352246837
1
34880
369982259
384718961
385575631
389796603
2
34568
407434857
421830197
422803445
426967731
0
34498
444504653
1.17647058823529e-09

0

Loading data, please wait...