Spike exchange methods for a Blue Gene/P supercomputer (Hines et al., 2011)

 Download zip file   Auto-launch 
Help downloading and running models
Accession:137845
Tests several spike exchange methods on a Blue Gene/P supercomputer on up to 64K cores.
Reference:
1 . Hines M, Kumar S, Schürmann F (2011) Comparison of neuronal spike exchange methods on a Blue Gene/P supercomputer. Front Comput Neurosci 5:49 [PubMed]
Model Information (Click on a link to find other models with that property)
Model Type: Realistic Network;
Brain Region(s)/Organism:
Cell Type(s):
Channel(s):
Gap Junctions:
Receptor(s):
Gene(s):
Transmitter(s):
Simulation Environment: NEURON;
Model Concept(s): Methods;
Implementer(s): Hines, Michael [Michael.Hines at Yale.edu];
/
Hines2011
dat
t0perf18.10k.16K.80.549+.21.0
t0perf18.10k.32K.80.549+.21.0
t0perf18.10k.64K.80.549+.21.0
t0perf18.10k.8K.80.548.2.0
t0perf19.10k.16K.80.549.9.0
t0perf20.10k.32K.80.549+.9.0
t0perf21.10k.64K.80.549+.9.0
t0perf21.1k.16K.80.549+.15.0
t0perf21.1k.32K.80.549+.15.0
t0perf21.1k.64K.80.549+.15.0
t0perf21.1k.8K.80.547+.3.0
t0perf21.1k.8K.80.548+.0.0
t0perf21.1k.8K.80.549.10.0
t0perf22.10k.128K.80.576+.1.0
t0perf22.1k.16K.80.549.3.0
t0perf23.1k.32K.80.549+.3.0
t0perf24.1k.64K.80.549+.3.0
t1perf18.10k.16K.93.549+.23.0
t1perf18.10k.32K.93.549+.23.0
t1perf18.10k.64K.93.549+.23.0
t1perf18.10k.8K.93.548.4.0
t1perf19.10k.16K.93.549.11.0
t1perf20.10k.32K.93.549+.11.0
t1perf21.10k.64K.93.549+.11.0
t1perf21.1k.16K.93.549+.17.0
t1perf21.1k.32K.93.549+.17.0
t1perf21.1k.64K.93.551.60.0
t1perf21.1k.8K.93.547+.5.0
t1perf22.10k.128K.93.576+.2.0
t1perf22.1k.16K.93.549.5.0
t1perf23.1k.32K.93.549+.5.0
t1perf24.1k.64K.93.549+.5.0
t1perf25.1k.128K.93.576+.3.0
t2perf18.10k.128K.94.577.11.0
t2perf18.10k.16K.94.549+.22.0
t2perf18.10k.32K.94.549+.22.0
t2perf18.10k.64K.94.549+.22.0
t2perf18.10k.8K.94.548.3.0
t2perf19.10k.16K.94.549.10.0
t2perf20.10k.32K.94.549+.10.0
t2perf21.10k.64K.82.552.0.0
t2perf21.10k.64K.86.549+.7.0
t2perf21.10k.64K.90.549+.31.0
t2perf21.10k.64K.94.549+.10.0
t2perf21.1k.128K.94.577.12.0
t2perf21.1k.16K.94.549+.16.0
t2perf21.1k.32K.94.549+.16.0
t2perf21.1k.64K.94.549+.16.0
t2perf21.1k.8K.94.547+.4.0
t2perf22.10k.128K.94.576.2.0
t2perf22.1k.16K.82.551+.0.0
t2perf22.1k.16K.86.550.0.0
t2perf22.1k.16K.90.552.0.0
t2perf22.1k.16K.94.549.4.0
t2perf22.1k.16K.94.550.0.0
t2perf23.1k.32K.94.549+.4.0
t2perf24.1k.64K.94.549+.4.0
t2perf25.1k.128K.94.576.0.0
t3perf18.10k.128K.83.577.10.0
t3perf18.10k.16K.83.551.60.0
t3perf18.10k.32K.83.551.61.0
t3perf18.10k.64K.83.551.62.0
t3perf18.10k.8K.83.551.60.0
t3perf19.10k.16K.83.551.62.0
t3perf20.10k.32K.83.551.63.0
t3perf21.10k.64K.83.549+.32.0
t3perf21.10k.64K.87.549+.6.0
t3perf21.1k.128K.83.577.13.0
t3perf21.1k.16K.83.549+.40.0
t3perf21.1k.32K.83.551.60.0
t3perf21.1k.64K.83.551.61.0
t3perf21.1k.8K.83.551.61.0
t3perf22.10k.128K.83.576+.0.0
t3perf22.1k.16K.83.551+.0.0
t3perf23.1k.32K.83.551.62.0
t3perf24.1k.64K.83.549+.24.0
t3perf24.1k.64K.87.542.0
t3perf25.1k.128K.83.576.1.0
                            
NEURON -- VERSION 7.2 twophase_multisend (549+:08f55733e693+) 2010-12-15
 '--prefix=/home/hines/neuron/replay' '--with-nrnpython' '--enable-bluegeneP' '--with-paranrn' '--with-multisend=allreplay' '--host=powerpc64-suse-linux' 'BG_BASE=/home/hines/BGP/IBM_V1R4M2/bgp/comm' 'BGlinux=/bgsys/drivers/ppcfloor/gnu-linux' 'CC=/home/hines/BGP/IBM_V1R4M2/bgp/comm/comm/bin/mpixlc' 'CXX=/home/hines/BGP/IBM_V1R4M2/bgp/comm/comm/bin/mpixlcxx' 'host_alias=powerpc64-suse-linux'
/gpfs/home/hines/perf1/powerpc64/special -mpi -c runs=2 runs.hoc
methodinfo 80
nhost 65536
MemSize 536870912
UsedMem 187747912
FreeMem 349123000
use2interval = -1
ncellpow = 21
ncon = 10000
nconrange = 100
mininvl = 20
maxinvl = 40
ranoffset_ = 1
connect_random_low_offset_ = 1
run_random_low_offset_ = 2
n_xcell = 0
use2phase = 0
burstfactor = 0.2
burstdur = 50
burstsize = 0
bgpdma = 0
compress_bufsize = 10
series = 1
binqueue = 1
selfqueue = 1
tstop = 200
spkfile = 0
done = 0
setuptime = 0.24
mkmodel_time = 8.35
setup_method_time = 0.75
set_maxstep_time = 0.16
stdinit_time = 0.2
runtime = 10.76
methodrun_time = 11.72
elapsed_time = 423.48
jobid = 0
seq = 9
@@@end header@@@
1207
515795414
516294175
525314487
0
0
525317885
525743654
525882180
533832179
0
0
533835869
534006877
534248789
542169291
0
0
542172337
542346022
542529214
550491777
0
0
550494565
550670362
550886587
558805135
0
0
558808649
558983122
559216371
567154707
0
0
567158529
567333482
567536633
575434843
0
0
575438329
575613986
575808391
583730851
0
0
583734177
583908358
584104509
591952511
0
0
591956877
592130146
592315823
600213215
0
0
600216585
600389798
600552243
608510119
0
0
608513985
608686272
608892923
616768139
0
0
616771505
616944930
617144363
625038767
0
0
625042669
625215162
625448275
633397843
0
0
633402133
633574908
633757211
641706347
0
0
641710105
641883166
642089691
649989781
0
0
649993753
650169790
650328107
658238635
0
0
658242405
658419954
658638891
666582439
0
0
666586065
666760594
666935311
674845267
0
0
674849341
675021094
675262303
683137331
0
0
683141265
683312090
683529595
691488723
0
0
691492101
691693930
691910649
699859719
1
104811
732234417
754774985
755695815
763562975
3
104859
795916381
818366147
819410555
827331059
2
104874
859593547
882028275
883142845
891000501
1
104758
923187389
945466079
946738509
954682091
2
104795
987068479
1009542679
1010474985
1018307271
2
104868
1050595347
1072991593
1074080679
1081893467
2
104810
1114305473
1136830635
1137780463
1145606739
1
105141
1178185659
1200802011
1201587741
1209482437
2
104709
1241763619
1264200723
1265287285
1273152663
1
104841
1305549319
1328052635
1329011813
1336828513
2
105014
1369170185
1391642943
1392773778
1400542471
2
105177
1432780123
1455027075
1456661215
1464603267
2
104839
1497209071
1519923367
1520438577
1528242903
2
104785
1560523119
1582967873
1584078233
1591919847
1
105041
1624299233
1646738309
1647936517
1655760133
2
104931
1688260033
1710903427
1711725591
1719509607
1
104439
1751610153
1773499763
1774907141
1782668987
0
104720
1815035197
1837473755
1838473437
1846288815
2
105146
1878671669
1901186899
1902109613
1910019823
1
104594
1942215213
1964491775
1965699717
1973579527
0
2562
1976297639
1977216631
1977228488
1985071059
0
7773
1990255561
1991994303
1992240989
2000045803
1
13078
2007334419
2010202679
2010494111
2018325623
0
18253
2027598433
2031707395
2031885983
2039749813
0
23402
2050574773
2055683591
2056080669
2063955527
1
28919
2076526737
2082864527
2083305467
2091187417
2
34159
2105325301
2112865083
2113124749
2121073215
2
39468
2136503079
2145017415
2145590335
2153487563
0
44368
2170357205
2180099487
2180428535
2188284867
3
49763
2206452205
2217319723
2217742115
2225625292
2
54966
2245166813
2257206563
2257583758
2265435759
0
60097
2285939811
2298701839
2299747225
2307586735
2
65560
2329641799
2343753731
2344612615
2352507123
0
70963
2375809479
2391058387
2391896741
2399747391
0
76077
2424155209
2440289837
2441541931
2449356523
0
81283
2475226685
2492737783
2493456299
2528962578
0
86418
2555863759
2574345287
2575391095
2611892390
0
91972
2640405733
2660350687
2660857943
2697505354
0
96906
2726674045
2747164395
2748628769
2785062892
0
102083
2815722279
2837632051
2838414259
2875144324
0
102397
2905807847
2927696671
2928729796
2939666255
0
97448
2969213549
2990175135
2991145334
2999885135
1
92655
3028098181
3047627781
3049192461
3057048423
2
88042
3084531611
3103487199
3104368310
3112193635
1
84112
3138524253
3156394365
3157774859
3165706483
2
80138
3191192615
3208402693
3209213553
3217059095
3
76225
3241683437
3258119379
3258878493
3266769023
2
72757
3290628833
3306451915
3307200570
3315004079
5
70017
3338048757
3353079839
3354065855
3362047271
0
67140
3384590885
3399091399
3399804420
3407624451
1
64231
3429533991
3443476375
3444136775
3451958267
1
61720
3473195531
3486541175
3487210784
3495058519
4
59971
3515995151
3529031347
3529638259
3537452279
0
57855
3557864257
3570377159
3571130320
3579070895
1
56142
3599142391
3611313091
3611844205
3619646945
0
54682
3639411669
3651333487
3651796463
3659688635
3
54369
3679209523
3690800495
3691739263
3699542889
0
52894
3718829213
3730245491
3730876267
3738704539
0
52674
3757907857
3769340291
3770020511
3777824307
1
52590
3797144831
3808623035
3808963631
3816821661
1
55337
3836538207
3848288085
3849388629
3857272313
2
59588
3878375241
3891301615
3891928705
3899718175
0
63858
3921796737
3935551299
3936271650
3944043839
1
67571
3967072607
3981604523
3982353951
3990166551
0
70428
4014043623
4029351335
4029823383
4037762345
1
73497
4062154849
4077823633
4079045183
4086864509
0
75803
4112176697
4128644699
4129092249
4136948907
1
77527
4162548301
4179186811
4179968617
4187819375
0
79561
4213837849
4230926643
4231986901
4239778061
1
80635
4266214477
4283609811
4284327677
4292140509
0
81492
23757553
41280003
42061781
49887895
0
81501
76417607
93833655
94711953
102595271
1
81260
129009031
146375989
147332751
155166271
2
81286
181622055
199007943
199947815
207747199
0
80031
233915145
251145819
251960835
259833169
2
78874
285835859
302970151
303460918
311304855
3
77648
336751349
353378183
354372981
362178195
0
75857
387189181
403391787
404331541
412183079
3
73471
436739125
452634503
453358153
461141725
1
71184
484963645
500190425
501223546
509013309
6
68728
532325465
547202483
547885685
555720373
2
66449
578437503
592767151
593490033
601412855
2
65009
623847651
637963799
638605603
646408323
0
63953
668395651
682131199
683033739
690866535
2
62566
712524521
726006543
726859351
734729217
2
62392
756534109
770113079
770616783
778473213
0
62439
800244525
813814835
814367942
822214785
3
62045
843889681
857419947
857916151
865819647
0
62436
887403493
900746955
901661529
909442373
1
63091
931017379
944293317
945754453
953581433
0
63860
975584055
989282955
990149379
998001163
1
64783
1020356575
1034327567
1035006303
1042841563
0
65532
1065272861
1079274527
1080241119
1088037709
1
67416
1111179315
1125798019
1126316583
1134209391
0
68453
1157542507
1172379059
1173043039
1180840989
0
69188
1204486503
1219560303
1219961915
1227878383
1
70366
1251459789
1266389013
1267480795
1275319623
1
71609
1299375025
1314764863
1315697033
1323475795
1
72851
1347976427
1363733467
1364409938
1372310769
2
73612
1397021017
1413000999
1413564513
1421451895
0
74635
1446403057
1462520593
1463189383
1471043127
1
75085
1496076999
1512324391
1513161995
1521007717
2
75811
1546035257
1562183759
1563356027
1571279077
0
74875
1596195563
1612338955
1613204935
1621058587
4
75455
1646072153
1662269607
1663120283
1670939807
4
74680
1695912511
1712128655
1712848269
1720657199
2
73871
1745462929
1761456115
1762049239
1769895937
0
73322
1794384867
1810057967
1810979897
1818786107
0
72089
1842944347
1858414283
1859307175
1867144283
0
71298
1891388181
1906975223
1907276417
1915167001
3
70931
1939077987
1954325239
1955320267
1963136363
2
70026
1986875483
2001985847
2002802349
2010596451
2
69357
2033971201
2048786259
2049861129
2057757799
0
68086
2080891625
2095448507
2096573943
2104492779
0
67506
2127494575
2141944187
2142855149
2150649581
1
66814
2173457445
2187794067
2188682806
2196481799
1
66780
2219262561
2233471903
2234539997
2242363211
0
66519
2265215977
2279527239
2280260087
2288051123
1
66467
2311002961
2325393335
2326115049
2333916543
1
66086
2356589873
2370718083
2371641343
2379454399
0
66759
2402450923
2416947595
2417523185
2425421615
0
66377
2448254149
2462583963
2463343925
2471217523
2
67444
2494399327
2509050399
2509581563
2517535663
3
67984
2540541019
2554926983
2556188981
2564053127
0
68297
2587438499
2602271387
2602741803
2610728879
0
68970
2634312937
2649272275
2649808375
2657661179
2
69886
2681176373
2696005551
2697346853
2705232561
0
69752
2729005087
2744097863
2744640709
2752599555
0
71068
2776785741
2792234051
2792697143
2800569715
0
71701
2824754693
2840353819
2841138989
2848934143
2
71543
2872953493
2888165389
2889210213
2897071735
0
72477
2921584217
2937348275
2937949936
2945799099
5
72069
2969994657
2985423215
2986390999
2994209387
2
71809
3018573015
3034226047
3034728958
3042623639
1
72111
3067010245
3082609875
3083163689
3090966469
1
71855
3115166667
3130567287
3131431969
3139380539
0
71533
3163527301
3178926059
3179783249
3187692855
1
71640
3211874617
3227288655
3228234921
3236024667
1
71509
3260050985
3275296747
3276384971
3284199987
2
70998
3308154639
3323349775
3324291055
3332079051
0
70713
3356100425
3371410991
3372058547
3379845751
1
70362
3403684537
3418837895
3419623257
3427534007
4
69948
3451311017
3466438875
3467212345
3475029857
2
69665
3498648487
3513588275
3514427523
3522281405
1
69327
3545942919
3560889735
3561650635
3569488167
0
69106
3593159185
3608147979
3608802299
3616586323
0
68997
3640114355
3655003431
3655749071
3663554823
1
68902
3687150371
3702048671
3702615251
3710400193
0
68349
3733700929
3748420075
3749240011
3757119167
1
68746
3780438671
3795094903
3796250115
3804173319
2
68339
3827420463
3842004779
3843039369
3850897545
0
68335
3874121339
3888783303
3889700554
3897514527
1
68877
3921012259
3935912699
3936568345
3944407607
2
68684
3967857669
3982638507
3983546237
3991406407
0
68769
4014793777
4029538867
4030437757
4038239799
2
69499
4061910783
4076928407
4077645049
4085438891
2
69181
4108889287
4123650619
4124728759
4132683813
1
69823
4156267739
4171139087
4172206427
4180022439
1
69764
4203604749
4218529989
4219540721
4227355841
2
70119
4251040657
4265962827
4267023105
4274834459
0
70579
3915357
19241181
19813207
27704719
0
70761
51605729
66775895
67623547
75537307
1
71004
99644909
114988131
115641541
123501797
0
70495
147619903
163066511
163460465
171273365
5
70512
195125865
210292575
211168603
219039423
0
71103
243220459
258694859
259209573
267127699
1
70374
291082397
306351865
306911223
314697895
1
70797
338576983
353712539
354634423
362449441
1
70493
386279259
401426031
402260593
410168677
0
70037
434317131
449786243
449820202
457627655
0
70456
481600621
496879655
497390401
505194243
2
70109
528911307
544066703
544890669
552739731
2
70020
576292737
591162119
592380975
600297899
2
70233
624132149
639252307
639996555
647860507
0
69832
671470297
686422673
687343197
695275695
0
70007
718909121
733870235
734896153
742692923
2
70000
766547573
781735619
782256685
790157507
0
69931
813753851
828678167
829687957
837528791
4
69444
861114233
875816385
876643143
884601415
1
69308
908077287
1.17647058823529e-09

0

Loading data, please wait...