Spike exchange methods for a Blue Gene/P supercomputer (Hines et al., 2011)

 Download zip file   Auto-launch 
Help downloading and running models
Accession:137845
Tests several spike exchange methods on a Blue Gene/P supercomputer on up to 64K cores.
Reference:
1 . Hines M, Kumar S, Schürmann F (2011) Comparison of neuronal spike exchange methods on a Blue Gene/P supercomputer. Front Comput Neurosci 5:49 [PubMed]
Model Information (Click on a link to find other models with that property)
Model Type: Realistic Network;
Brain Region(s)/Organism:
Cell Type(s):
Channel(s):
Gap Junctions:
Receptor(s):
Gene(s):
Transmitter(s):
Simulation Environment: NEURON;
Model Concept(s): Methods;
Implementer(s): Hines, Michael [Michael.Hines at Yale.edu];
/
Hines2011
dat
t0perf18.10k.16K.80.549+.21.0
t0perf18.10k.32K.80.549+.21.0
t0perf18.10k.64K.80.549+.21.0
t0perf18.10k.8K.80.548.2.0
t0perf19.10k.16K.80.549.9.0
t0perf20.10k.32K.80.549+.9.0
t0perf21.10k.64K.80.549+.9.0
t0perf21.1k.16K.80.549+.15.0
t0perf21.1k.32K.80.549+.15.0
t0perf21.1k.64K.80.549+.15.0
t0perf21.1k.8K.80.547+.3.0
t0perf21.1k.8K.80.548+.0.0
t0perf21.1k.8K.80.549.10.0
t0perf22.10k.128K.80.576+.1.0
t0perf22.1k.16K.80.549.3.0
t0perf23.1k.32K.80.549+.3.0
t0perf24.1k.64K.80.549+.3.0
t1perf18.10k.16K.93.549+.23.0
t1perf18.10k.32K.93.549+.23.0
t1perf18.10k.64K.93.549+.23.0
t1perf18.10k.8K.93.548.4.0
t1perf19.10k.16K.93.549.11.0
t1perf20.10k.32K.93.549+.11.0
t1perf21.10k.64K.93.549+.11.0
t1perf21.1k.16K.93.549+.17.0
t1perf21.1k.32K.93.549+.17.0
t1perf21.1k.64K.93.551.60.0
t1perf21.1k.8K.93.547+.5.0
t1perf22.10k.128K.93.576+.2.0
t1perf22.1k.16K.93.549.5.0
t1perf23.1k.32K.93.549+.5.0
t1perf24.1k.64K.93.549+.5.0
t1perf25.1k.128K.93.576+.3.0
t2perf18.10k.128K.94.577.11.0
t2perf18.10k.16K.94.549+.22.0
t2perf18.10k.32K.94.549+.22.0
t2perf18.10k.64K.94.549+.22.0
t2perf18.10k.8K.94.548.3.0
t2perf19.10k.16K.94.549.10.0
t2perf20.10k.32K.94.549+.10.0
t2perf21.10k.64K.82.552.0.0
t2perf21.10k.64K.86.549+.7.0
t2perf21.10k.64K.90.549+.31.0
t2perf21.10k.64K.94.549+.10.0
t2perf21.1k.128K.94.577.12.0
t2perf21.1k.16K.94.549+.16.0
t2perf21.1k.32K.94.549+.16.0
t2perf21.1k.64K.94.549+.16.0
t2perf21.1k.8K.94.547+.4.0
t2perf22.10k.128K.94.576.2.0
t2perf22.1k.16K.82.551+.0.0
t2perf22.1k.16K.86.550.0.0
t2perf22.1k.16K.90.552.0.0
t2perf22.1k.16K.94.549.4.0
t2perf22.1k.16K.94.550.0.0
t2perf23.1k.32K.94.549+.4.0
t2perf24.1k.64K.94.549+.4.0
t2perf25.1k.128K.94.576.0.0
t3perf18.10k.128K.83.577.10.0
t3perf18.10k.16K.83.551.60.0
t3perf18.10k.32K.83.551.61.0
t3perf18.10k.64K.83.551.62.0
t3perf18.10k.8K.83.551.60.0
t3perf19.10k.16K.83.551.62.0
t3perf20.10k.32K.83.551.63.0
t3perf21.10k.64K.83.549+.32.0
t3perf21.10k.64K.87.549+.6.0
t3perf21.1k.128K.83.577.13.0
t3perf21.1k.16K.83.549+.40.0
t3perf21.1k.32K.83.551.60.0
t3perf21.1k.64K.83.551.61.0
t3perf21.1k.8K.83.551.61.0
t3perf22.10k.128K.83.576+.0.0
t3perf22.1k.16K.83.551+.0.0
t3perf23.1k.32K.83.551.62.0
t3perf24.1k.64K.83.549+.24.0
t3perf24.1k.64K.87.542.0
t3perf25.1k.128K.83.576.1.0
                            
NEURON -- VERSION 7.2 twophase_multisend (549+:08f55733e693+) 2010-12-15
 '--prefix=/home/hines/neuron/replay' '--with-nrnpython' '--enable-bluegeneP' '--with-paranrn' '--with-multisend=allreplay' '--host=powerpc64-suse-linux' 'BG_BASE=/home/hines/BGP/IBM_V1R4M2/bgp/comm' 'BGlinux=/bgsys/drivers/ppcfloor/gnu-linux' 'CC=/home/hines/BGP/IBM_V1R4M2/bgp/comm/comm/bin/mpixlc' 'CXX=/home/hines/BGP/IBM_V1R4M2/bgp/comm/comm/bin/mpixlcxx' 'host_alias=powerpc64-suse-linux'
/home/hines/perf1/powerpc64/special -mpi -c runs=3 runs.hoc
methodinfo 80
nhost 32768
MemSize 536870912
UsedMem 76957992
FreeMem 459912920
use2interval = -1
ncellpow = 21
ncon = 1000
nconrange = 100
mininvl = 20
maxinvl = 40
ranoffset_ = 1
connect_random_low_offset_ = 1
run_random_low_offset_ = 2
n_xcell = 0
use2phase = 0
burstfactor = 0.2
burstdur = 50
burstsize = 0
bgpdma = 0
compress_bufsize = 10
series = 1
binqueue = 1
selfqueue = 1
tstop = 200
spkfile = 0
done = 0
setuptime = 1.42
mkmodel_time = 1.72
setup_method_time = 0.4
set_maxstep_time = 0.04
stdinit_time = 0.04
runtime = 4.75
methodrun_time = 5.2
elapsed_time = 98.39
jobid = 0
seq = 15
@@@end header@@@
1207
713878706
714143471
719051445
0
0
719055737
719480518
719492542
723593421
0
0
723595399
723765528
723865185
727943629
0
0
727945213
728114258
728235658
732347259
0
0
732348591
732518948
732640155
736703181
0
0
736704687
736874398
737010513
741135381
0
0
741136779
741308226
741419553
745522919
0
0
745524647
745693042
745854161
749952579
0
0
749954297
750121006
750249927
754358273
0
0
754360053
754529610
754720627
758830593
0
0
758832087
759004376
759121591
763254125
0
0
763255607
763425410
763624577
767713943
0
0
767715431
767886058
767992231
772060231
0
0
772061763
772231834
772366185
776482665
0
0
776484197
776655944
776786543
780901741
0
0
780903291
781074262
781264427
785335637
0
0
785337337
785507822
785600921
789736437
0
0
789737687
789906262
790026793
794202409
0
0
794204125
794374790
794497909
798602313
0
0
798603937
798774858
798866133
802929703
0
0
802931515
803101336
803257729
807374239
0
0
807375611
807573850
807730681
811854285
2
104811
826419677
831176407
831401099
835466183
6
104859
850084697
854889419
855044059
859121933
3
104874
873719765
878497107
878692415
882803855
2
104758
897323231
902022375
902307841
906403579
4
104795
920841885
925463203
925949439
930026397
4
104868
944509233
949174647
949654475
953721113
2
104810
968272073
973022875
973269587
977388577
3
105141
991870635
996529915
997038655
1001138985
6
104709
1015530431
1020115659
1020637247
1024724897
2
104841
1039175127
1043788359
1044369089
1048473247
2
105014
1062866769
1067455641
1068062387
1072139549
5
105177
1086632039
1091260075
1091750533
1095808729
2
104839
1110274769
1114927101
1115382087
1119491667
3
104785
1133954631
1138602859
1139059509
1143186353
3
105041
1157625547
1162231107
1162771775
1166911535
3
104931
1181537389
1186312931
1186492091
1190592533
2
104439
1204970225
1209476691
1210114959
1214209173
3
104720
1228709773
1233405875
1233751193
1237878833
4
105146
1252411201
1257107317
1257496919
1261613173
3
104594
1276050133
1280620995
1281150475
1285230425
0
2562
1286864617
1287179002
1287262463
1291372295
0
7773
1294588287
1295128743
1295140752
1299269909
3
13078
1303508605
1304248935
1304336287
1308434965
0
18253
1313503845
1314453311
1314570997
1318687855
0
23402
1324406285
1325592369
1325763747
1329841147
1
28919
1336104745
1337516743
1337706759
1341825119
4
34159
1348731181
1350439751
1350537127
1354642647
2
39468
1362017289
1363858155
1364057901
1368185571
1
44368
1376005211
1378042991
1378346017
1382451203
3
49763
1390858717
1393147199
1393409473
1397525907
2
54966
1406472411
1409023111
1409277377
1414488552
0
60097
1423914021
1426623067
1426991087
1445228094
2
65560
1455165757
1458061167
1458605721
1476742352
0
70963
1487302197
1490504835
1490888583
1509019428
0
76077
1520026715
1523323347
1523993769
1529628480
0
81283
1541331235
1545015739
1545280765
1563375776
0
86418
1575610429
1579523003
1579868845
1585528005
0
91972
1598276723
1602390219
1602805689
1608465853
2
96906
1621708527
1626020971
1626628031
1632324031
2
102083
1646182375
1650794035
1651083273
1669267340
1
102397
1683024673
1687525891
1688202259
1706364494
3
97448
1719622451
1723929231
1724490965
1742618148
4
92655
1755346573
1759428891
1759965097
1778031656
6
88042
1790325273
1794276523
1794742341
1812823682
6
84112
1824743399
1828525815
1828962209
1834505678
5
80138
1845997937
1849570459
1850017325
1855616659
4
76225
1866751673
1870213539
1870544427
1876154379
4
72757
1887021887
1890382939
1890559439
1908749964
5
70017
1919248567
1922433355
1922823047
1941062384
1
67140
1951394533
1954532771
1954734527
1960440777
1
64231
1970453849
1973428027
1973719571
1979322263
2
61720
1989045217
1991879611
1992141217
2010352618
4
59971
2019982853
2022763519
2023006371
2027686273
0
57855
2037080249
2039719763
2040008957
2044131529
1
56142
2053250437
2055714103
2056206087
2060286865
0
54682
2069332981
2071791155
2072203129
2076320435
3
54369
2085332077
2087779019
2088142867
2092246759
1
52894
2101168781
2103621931
2103882027
2107938967
3
52674
2116803985
2119203443
2119522695
2123655791
1
52590
2132529527
2134932019
2135203523
2139320739
1
55337
2148424365
2150886767
2151312109
2155408939
3
59588
2165097573
2167848091
2168033565
2172162989
0
63858
2182223689
2185100339
2185434629
2189512027
1
67571
2199953329
2202939519
2203376247
2220969998
1
70428
2231812741
2235086775
2235330131
2253687250
3
73497
2264794853
2268077611
2268538379
2273181557
0
75803
2284620035
2288088963
2288370313
2305976066
2
77527
2317506269
2320971367
2321395681
2327174001
0
79561
2338974245
2342560243
2342930953
2361081894
2
80635
2373033005
2376713619
2377023283
2395308776
2
81492
2407389465
2411173503
2411360155
2417053603
2
81501
2429084005
2432769067
2433031026
2451094352
3
81260
2463011841
2466645551
2467127055
2472806054
2
81286
2484874579
2488683835
2488747543
2506866158
3
80031
2518638953
2522174279
2522680801
2527441255
2
78874
2539148609
2542707927
2543073369
2560680850
5
77648
2572083961
2575408059
2576207185
2581911899
3
75857
2593272525
2596731661
2597061605
2602693141
6
73471
2613785869
2617016443
2617506699
2635740292
1
71184
2646551401
2649751265
2650289897
2655030291
8
68728
2665596961
2668641487
2669059885
2686666918
2
66449
2696967421
2699917173
2700469041
2718732658
3
65009
2728936685
2731853203
2732295989
2738074039
0
63953
2748217365
2751165331
2751389185
2756068553
3
62566
2765981189
2768802039
2769170861
2773278233
3
62392
2783231113
2786062343
2786318137
2803913716
0
62439
2813845987
2816719985
2817007787
2835098698
3
62045
2845003921
2847860727
2848211309
2852940663
0
62436
2862906709
2865737527
2866059205
2870177859
1
63091
2880177727
2882983035
2883357513
2900907196
0
63860
2911019737
2913967919
2914309627
2918982857
2
64783
2929189435
2932117935
2932469737
2936573083
1
65532
2946897309
2949914395
2950159991
2967949942
2
67416
2978343669
2981308299
2981762431
2999945408
0
68453
3010487019
3013560561
3013924633
3018587795
1
69188
3029255237
3032337971
3032745271
3050610262
1
70366
3061441633
3064695919
3064888235
3070628997
2
71609
3081570421
3084821275
3085153359
3090923209
2
72851
3102086405
3105481211
3105600329
3123869448
4
73612
3135010021
3138334207
3138607955
3156835048
0
74635
3168164719
3171607271
3171766927
3176464275
2
75085
3187814835
3191238531
3191488439
3195548561
2
75811
3206946233
3210352253
3210664261
3215724830
1
74875
3226968829
3230339897
3230715329
3235385099
6
75455
3246808791
3250328887
3250491137
3268145294
6
74680
3279437309
3282839459
3283079190
3287763609
5
73871
3298993695
3302333411
3302599355
3320415138
0
73322
3331547155
3334883783
3335097049
3353447542
3
72089
3364379513
3367545707
3368024499
3372712703
0
71298
3383567729
3386727775
3387191551
3391278547
5
70931
3402141417
3405315715
3405705747
3409823171
5
70026
3420554845
3423676419
3424117837
3428183701
5
69357
3438871793
3441949303
3442377051
3446433949
0
68086
3457010359
3460067359
3460474817
3464573365
2
67506
3475072919
3478075321
3478505929
3482621577
1
66814
3493085585
3496093885
3496449153
3500571979
2
66780
3510970481
3513866047
3514378497
3518439843
0
66519
3528928285
3531944855
3532214479
3549874798
2
66467
3560300321
3563290399
3563589193
3568283967
1
66086
3578704389
3581653503
3582056749
3586148523
0
66759
3596750483
3599855371
3599965985
3617663912
0
66377
3628083689
3631085971
3631446607
3636154175
2
67444
3646868813
3650062659
3650110491
3654240225
4
67984
3664905235
3667987431
3668275997
3672384723
0
68297
3683020553
3686072609
3686475235
3690596945
3
68970
3701303813
3704371747
3704767887
3708884049
2
69886
3719764715
3722921779
3723214177
3727286969
1
69752
3738187069
3741378879
3741626721
3745740783
2
71068
3756820323
3760107079
3760242003
3764375883
0
71701
3775451957
3778724827
3779029063
3783120069
2
71543
3794199053
3797447487
3797801979
3801897555
1
72477
3813056107
3816366659
3816647155
3820764773
9
72069
3831859215
3835088815
3835499187
3839568835
2
71809
3850671429
3853984607
3854223285
3858300035
5
72111
3869339085
3872504559
3872975915
3877056435
2
71855
3888186481
3891451871
3891738151
3895817245
0
71533
3906895065
3910161799
3910416045
3914480507
3
71640
3925595553
3928883615
3929059007
3933147341
1
71509
3944172453
3947387383
3947728555
3951829465
3
70998
3962865521
3966139535
3966408371
3970535653
2
70713
3981433373
3984593011
3984987657
3989115071
2
70362
4000071189
4003315051
4003588869
4007697019
5
69948
4018556489
4021740563
4022050175
4026181783
2
69665
4037047611
4040257791
4040491539
4044572247
4
69327
4055335969
4058447641
4058798133
4062840049
1
69106
4073616815
4076745455
4077038951
4081074509
1
68997
4091829111
4094940159
4095294215
4099392869
1
68902
4110057577
4113094811
4113572091
4117684429
1
68349
4128382821
4131457079
4131747850
4135809965
1
68746
4146473649
4149556607
4149963523
4154078663
5
68339
4164730773
4167767651
4168157295
4172281071
0
68335
4182919261
4186020143
4186399757
4190447653
3
68877
4201164717
4204281263
4204604659
4208712753
2
68684
4219429373
4222540291
4222834309
4226925671
2
68769
4237621241
4240719647
4241093367
4245155807
3
69499
4255952865
4259113955
4259452361
4263547441
2
69181
4274322611
4277470407
4277788467
4281855359
1
69823
4292557945
618863
1223973
5340779
2
69764
16174897
19352695
19635071
23698677
3
70119
34669131
37949975
38066051
42133319
1
70579
53072227
56288387
56580579
60683247
2
70761
71570593
74726195
75172567
79308265
4
71004
90254881
93422319
93829399
97934547
1
70495
108870177
112121399
112342693
116491735
7
70512
127432761
130648975
130977165
135075929
1
71103
146071257
149316815
149574713
153677471
1
70374
164626497
167872023
168086451
172170325
3
70797
183087751
186281691
186635847
190760251
1
70493
201713865
204925451
205175839
209272865
0
70037
220208333
223440687
223722857
227816127
1
70456
238767561
242009935
242289985
246429923
2
70109
257210345
260301243
260803427
264886953
3
70020
275724637
278884527
279210463
283334935
4
70233
294316405
297608075
297693347
315362646
3
69832
326143041
329229863
329622533
335299030
0
70007
346287613
349590939
349631355
355419251
3
70000
366200561
369277725
369772399
374389279
0
69931
385221543
388380655
388756355
392852915
4
69444
403612439
406691983
407054887
411155329
3
69308
421924033
1.17647058823529e-09

0

Loading data, please wait...