Spike exchange methods for a Blue Gene/P supercomputer (Hines et al., 2011)

 Download zip file   Auto-launch 
Help downloading and running models
Accession:137845
Tests several spike exchange methods on a Blue Gene/P supercomputer on up to 64K cores.
Reference:
1 . Hines M, Kumar S, Schürmann F (2011) Comparison of neuronal spike exchange methods on a Blue Gene/P supercomputer. Front Comput Neurosci 5:49 [PubMed]
Model Information (Click on a link to find other models with that property)
Model Type: Realistic Network;
Brain Region(s)/Organism:
Cell Type(s):
Channel(s):
Gap Junctions:
Receptor(s):
Gene(s):
Transmitter(s):
Simulation Environment: NEURON;
Model Concept(s): Methods;
Implementer(s): Hines, Michael [Michael.Hines at Yale.edu];
/
Hines2011
dat
t0perf18.10k.16K.80.549+.21.0
t0perf18.10k.32K.80.549+.21.0
t0perf18.10k.64K.80.549+.21.0
t0perf18.10k.8K.80.548.2.0
t0perf19.10k.16K.80.549.9.0
t0perf20.10k.32K.80.549+.9.0
t0perf21.10k.64K.80.549+.9.0
t0perf21.1k.16K.80.549+.15.0
t0perf21.1k.32K.80.549+.15.0
t0perf21.1k.64K.80.549+.15.0
t0perf21.1k.8K.80.547+.3.0
t0perf21.1k.8K.80.548+.0.0
t0perf21.1k.8K.80.549.10.0
t0perf22.10k.128K.80.576+.1.0
t0perf22.1k.16K.80.549.3.0
t0perf23.1k.32K.80.549+.3.0
t0perf24.1k.64K.80.549+.3.0
t1perf18.10k.16K.93.549+.23.0
t1perf18.10k.32K.93.549+.23.0
t1perf18.10k.64K.93.549+.23.0
t1perf18.10k.8K.93.548.4.0
t1perf19.10k.16K.93.549.11.0
t1perf20.10k.32K.93.549+.11.0
t1perf21.10k.64K.93.549+.11.0
t1perf21.1k.16K.93.549+.17.0
t1perf21.1k.32K.93.549+.17.0
t1perf21.1k.64K.93.551.60.0
t1perf21.1k.8K.93.547+.5.0
t1perf22.10k.128K.93.576+.2.0
t1perf22.1k.16K.93.549.5.0
t1perf23.1k.32K.93.549+.5.0
t1perf24.1k.64K.93.549+.5.0
t1perf25.1k.128K.93.576+.3.0
t2perf18.10k.128K.94.577.11.0
t2perf18.10k.16K.94.549+.22.0
t2perf18.10k.32K.94.549+.22.0
t2perf18.10k.64K.94.549+.22.0
t2perf18.10k.8K.94.548.3.0
t2perf19.10k.16K.94.549.10.0
t2perf20.10k.32K.94.549+.10.0
t2perf21.10k.64K.82.552.0.0
t2perf21.10k.64K.86.549+.7.0
t2perf21.10k.64K.90.549+.31.0
t2perf21.10k.64K.94.549+.10.0
t2perf21.1k.128K.94.577.12.0
t2perf21.1k.16K.94.549+.16.0
t2perf21.1k.32K.94.549+.16.0
t2perf21.1k.64K.94.549+.16.0
t2perf21.1k.8K.94.547+.4.0
t2perf22.10k.128K.94.576.2.0
t2perf22.1k.16K.82.551+.0.0
t2perf22.1k.16K.86.550.0.0
t2perf22.1k.16K.90.552.0.0
t2perf22.1k.16K.94.549.4.0
t2perf22.1k.16K.94.550.0.0
t2perf23.1k.32K.94.549+.4.0
t2perf24.1k.64K.94.549+.4.0
t2perf25.1k.128K.94.576.0.0
t3perf18.10k.128K.83.577.10.0
t3perf18.10k.16K.83.551.60.0
t3perf18.10k.32K.83.551.61.0
t3perf18.10k.64K.83.551.62.0
t3perf18.10k.8K.83.551.60.0
t3perf19.10k.16K.83.551.62.0
t3perf20.10k.32K.83.551.63.0
t3perf21.10k.64K.83.549+.32.0
t3perf21.10k.64K.87.549+.6.0
t3perf21.1k.128K.83.577.13.0
t3perf21.1k.16K.83.549+.40.0
t3perf21.1k.32K.83.551.60.0
t3perf21.1k.64K.83.551.61.0
t3perf21.1k.8K.83.551.61.0
t3perf22.10k.128K.83.576+.0.0
t3perf22.1k.16K.83.551+.0.0
t3perf23.1k.32K.83.551.62.0
t3perf24.1k.64K.83.549+.24.0
t3perf24.1k.64K.87.542.0
t3perf25.1k.128K.83.576.1.0
                            
NEURON -- VERSION 7.2 twophase_multisend (547+:37aa73b01509+) 2010-12-13
 '--prefix=/home/hines/neuron/replay' '--with-nrnpython' '--enable-bluegeneP' '--with-paranrn' '--with-multisend=allreplay' '--host=powerpc64-suse-linux' 'BG_BASE=/home/hines/BGP/IBM_V1R4M2/bgp/comm' 'BGlinux=/bgsys/drivers/ppcfloor/gnu-linux' 'CC=/home/hines/BGP/IBM_V1R4M2/bgp/comm/comm/bin/mpixlc' 'CXX=/home/hines/BGP/IBM_V1R4M2/bgp/comm/comm/bin/mpixlcxx' 'host_alias=powerpc64-suse-linux'
/home/hines/perf1/powerpc64/special -mpi -c ncellpow=15 -c done=0 init.hoc -c {xopen("temp.hoc")} -c finish()
methodinfo 80
nhost 8192
MemSize 536870912
UsedMem 210964632
FreeMem 325906280
use2interval = -1
ncellpow = 21
ncon = 1000
nconrange = 100
mininvl = 20
maxinvl = 40
ranoffset_ = 1
connect_random_low_offset_ = 1
run_random_low_offset_ = 2
n_xcell = 0
use2phase = 0
burstfactor = 0.2
burstdur = 50
burstsize = 0
bgpdma = 0
compress_bufsize = 10
series = 1
binqueue = 1
selfqueue = 1
tstop = 200
spkfile = 0
done = 0
setuptime = 0.65
mkmodel_time = 7.44
setup_method_time = 0.8
set_maxstep_time = 0.14
stdinit_time = 0.17
runtime = 8.03
methodrun_time = 9.02
elapsed_time = 88.89
jobid = 0
seq = 3
@@@end header@@@
1207
1621002266
1621490248
1622720579
0
0
1622722199
1623175906
1623184688
1624355888
0
0
1624356715
1624526417
1624546610
1625709554
0
0
1625710371
1625878119
1625891563
1627050782
0
0
1627051607
1627219967
1627244386
1628408704
0
0
1628409505
1628578361
1628597772
1629751588
0
0
1629752491
1629922577
1629950600
1631106666
0
0
1631107537
1631276137
1631300926
1632460172
0
0
1632461009
1632630021
1632668066
1633823146
0
0
1633823979
1633992559
1634014634
1635171546
0
0
1635172409
1635342025
1635368972
1636525616
0
0
1636526407
1636694609
1636717292
1637875846
0
0
1637876637
1638045037
1638064902
1639222280
0
0
1639223123
1639391587
1639419922
1640577298
0
0
1640578107
1640744627
1640764740
1641920860
0
0
1641921653
1642090813
1642112438
1643271400
0
0
1643272193
1643442089
1643472862
1644633294
0
0
1644634095
1644802115
1644823384
1645982976
0
0
1645983773
1646151505
1646171824
1647326138
0
0
1647326925
1647494717
1647530800
1648691128
0
0
1648691921
1648860303
1648882452
1650040406
0
0
1650041207
1650284457
1650329038
1659208363
11
104811
1684871952
1705318386
1706799765
1716489647
16
104859
1742034498
1762095274
1763638621
1773389777
14
104874
1799100836
1819536360
1820198831
1829803595
11
104758
1855282780
1875327366
1876594179
1886023687
13
104795
1911436474
1931306322
1933162161
1942932587
14
104868
1968600122
1988930490
1989785479
1999177271
12
104810
2024925676
2045426830
2046161429
2055914099
12
105141
2081442010
2101587446
2102592675
2104489765
13
104709
2129860292
2149753470
2151172473
2153057639
16
104841
2178427332
2198221394
2199895347
2201779029
10
105014
2227291060
2247293700
2248693711
2250600963
13
105177
2276228900
2296383640
2297508429
2307245841
13
104839
2332656668
2352661662
2353941689
2355823917
13
104785
2381317644
2401278292
2402551197
2404433101
11
105041
2429888528
2449820412
2451357585
2458375409
16
104931
2483997776
2504224246
2507895766
2509759521
11
104439
2535087586
2554574426
2556114249
2565781999
10
104720
2591246492
2611440036
2612454381
2622022057
13
105146
2647630956
2667838102
2669190111
2678534011
14
104594
2703893534
2723777352
2725349454
2726564659
0
2562
2727996016
2728912864
2729107741
2730290480
1
7773
2733650048
2735452862
2735493215
2736674420
4
13078
2741493032
2744216894
2744510937
2745695092
1
18253
2751924890
2755676842
2755983226
2757164994
3
23402
2764557208
2769184534
2769766391
2774137737
3
28919
2782945888
2788786232
2789112849
2793451833
5
34159
2803402508
2810181586
2810720024
2815090015
4
39468
2826227964
2834036932
2834538766
2836008996
5
44368
2848158916
2856830856
2857510379
2859040514
10
49763
2872460000
2882303030
2882824790
2884339610
10
54966
2898797588
2909474880
2910294318
2911841518
4
60097
2927382326
2938978406
2939970372
2945018703
7
65560
2961787380
2974505106
2975234965
2976899643
9
70963
2994919188
3008755470
3009512571
3015079463
12
76077
3034141472
3048869764
3050070191
3051799401
10
81283
3071992160
3087660004
3088747461
3095898589
10
86418
3117319016
3134027180
3134716967
3136519519
7
91972
3158945274
3176483952
3177785759
3179641963
10
96906
3203086630
3221479062
3222858665
3229683339
11
102083
3254294404
3273800144
3277776243
3287490793
8
102397
3312192394
3331928890
3332704614
3334535917
12
97448
3358188364
3376836550
3377996811
3384983295
9
92655
3407533464
3425271246
3427607645
3429365855
11
88042
3450873046
3467677998
3469011567
3470733071
10
84112
3491423920
3507402278
3508815759
3510518535
14
80138
3530333618
3545605782
3547001229
3552420207
8
76225
3571593858
3586519434
3587662667
3592883051
12
72757
3611111616
3625118688
3626427755
3631950067
12
70017
3649612156
3663060410
3664016199
3669303903
4
67140
3686433854
3699516176
3700106703
3705160517
5
64231
3721670360
3734200850
3734805685
3736365086
12
61720
3752436226
3764619216
3765121367
3769919399
14
59971
3785513692
3797205442
3797934153
3799475922
3
57855
3814586160
3825881942
3826660044
3831299991
8
56142
3846008504
3856913038
3857659767
3859181730
8
54682
3873449684
3883945700
3885031750
3889654395
10
54369
3903953066
3914498962
3915269329
3919862287
4
52894
3933922604
3944279234
3944930771
3949515943
4
52674
3963451192
3973751762
3974425401
3975936566
7
52590
3989878296
4000173582
4000858233
4005518841
5
55337
4019806616
4030252584
4031487593
4033054094
10
59588
4048667840
4060462876
4060896240
4062476062
10
63858
4078683622
4090879038
4092023035
4093617664
5
67571
4110623670
4123478446
4124664921
4129916697
11
70428
4147741200
4161476780
4162317475
4167593211
10
73497
4185907876
4199878542
4201493426
4206965163
4
75803
4225868914
4240516530
4241934945
4248037499
10
77527
4267378652
4282398966
4283243479
4284955125
12
79561
9578880
24576838
26020735
31600335
10
80635
51677036
67318808
68889939
70623745
6
81492
90857164
106658286
107454563
109197007
7
81501
129529994
145362694
146055845
147777159
9
81260
168065724
183891816
184589863
186301819
10
81286
206372744
221941508
223117307
228680721
9
80031
248489840
263859132
265737413
267440673
10
78874
287085476
302263186
303191717
304883467
10
77648
324138324
338925822
340131545
341815645
8
75857
360853700
375612842
376417423
378093313
12
73471
396541942
410660372
411626355
416913185
7
71184
434770198
448523318
449749667
451410103
15
68728
468829938
482122042
483010755
484600744
10
66449
501532552
514397734
515251991
520471971
8
65009
537018072
549580652
550402019
555512859
6
63953
572002048
584569526
585110477
590112477
8
62566
606205276
618409874
619034247
624024873
12
62392
640006348
651980122
652896779
654488452
6
62439
670452328
682419878
683474277
688320339
4
62045
704290352
716384922
717290403
718865934
7
62436
734836400
746809454
747975062
752914679
10
63091
768957812
781039898
782149327
783752956
9
63860
800169540
812599146
813329703
814900602
5
64783
831422500
844016356
844908751
846487414
7
65532
863261948
876040636
876746727
881848979
8
67416
898910024
911837544
913057883
918086023
2
68453
935492426
948843456
949832157
955178447
8
69188
972606782
985914350
986985301
992554407
10
70366
1010337920
1023989910
1024533505
1029650317
13
71609
1047558314
1061239256
1062763977
1068076869
11
72851
1086424168
1100590384
1101662409
1103328499
9
73612
1121790068
1135911820
1136991067
1138678511
3
74635
1157496304
1171988628
1172691061
1178268581
6
75085
1197210470
1211887126
1212649465
1214325399
5
75811
1233325008
1247941460
1248781705
1254619897
10
74875
1273195692
1287469924
1288722861
1294660603
14
75455
1313692988
1328509306
1328771473
1330438441
10
74680
1349262450
1363842890
1364496903
1366180265
14
73871
1384729902
1398903252
1399978213
1405487683
5
73322
1423862630
1437988562
1439141845
1444313759
8
72089
1462434660
1476323690
1477707059
1483440639
9
71298
1501304164
1514964362
1515948603
1517616897
10
70931
1535593536
1549380650
1550114073
1555495171
13
70026
1573080460
1586612906
1587685450
1593125573
16
69357
1610568146
1623854326
1624902339
1630294379
5
68086
1647569828
1660710130
1661629553
1666567093
6
67506
1683551440
1696405898
1697955103
1702907017
5
66814
1719844270
1732679798
1733901471
1735522988
5
66780
1752556270
1765513178
1766455383
1768047722
11
66519
1784831796
1797444748
1798724173
1803786401
11
66467
1820718916
1833607644
1834488927
1839715935
12
66086
1856455080
1869059090
1870122079
1875011275
4
66759
1892075820
1905062094
1906003199
1907610626
5
66377
1924545418
1937348948
1938366503
1943613549
9
67444
1960958124
1974258054
1974594443
1979877717
11
67984
1997075422
2010099810
2011213461
2012841340
5
68297
2030316174
2043688856
2044284227
2045882824
12
68970
2063513392
2076963442
2077613899
2082653629
8
69886
2100510492
2114135070
2114955757
2120357429
5
69752
2137969640
2151383004
2152326363
2153975033
11
71068
2172084956
2186033304
2186564123
2188216831
8
71701
2206461384
2220576434
2221277943
2222926957
6
71543
2241064296
2254931338
2255815099
2257472749
9
72477
2275858124
2289936648
2290701549
2292354711
13
72069
2310411702
2324024268
2325504169
2331058313
4
71809
2349206410
2363144026
2363899619
2365556389
12
72111
2383791498
2397654962
2398548839
2403755631
8
71855
2421962110
2435967988
2436816534
2438480385
9
71533
2456686788
2470633032
2471451285
2476703367
10
71640
2494860824
2508755346
2509709025
2514759589
6
71509
2532787922
2546604810
2547878825
2549526819
11
70998
2567514918
2581182034
2582150579
2587210649
8
70713
2604973502
2618471522
2620021119
2621662003
10
70362
2639452376
2652910066
2653955717
2658926671
10
69948
2676527924
2689865522
2691365021
2696676295
4
69665
2714261600
2727629082
2728648079
2730251072
12
69327
2747721756
2760925888
2762109723
2763704826
8
69106
2781476722
2795076006
2795571149
2797174988
6
68997
2814783684
2828170682
2828990989
2834335773
9
68902
2851803004
2865110092
2865797547
2871037043
10
68349
2888386692
2901588570
2902518155
2907847613
9
68746
2925178796
2938323852
2939508731
2944393373
10
68339
2961694114
2974849662
2976178941
2981078175
9
68335
2998520692
3011786814
3012944277
3017948519
5
68877
3035416124
3048740144
3049925367
3055152227
11
68684
3072516244
3085731130
3086863367
3091963543
9
68769
3109269852
3122410156
3123648857
3128608247
13
69499
3146193814
3159645256
3160894379
3166248355
8
69181
3183875084
3197289814
3198000451
3203146923
5
69823
3220831492
3234358772
3235445315
3240871357
10
69764
3258560152
3272052776
3272788533
3277776581
7
70119
3295660646
3309331540
3310315666
3315359683
8
70579
3333263180
3346932102
3348021577
3349685077
9
70761
3367795660
3381657006
3382166393
3383777732
9
71004
3401848296
3415631282
3416397037
3418004300
6
70495
3435849860
3449462410
3450457815
3452062626
12
70512
3469921500
3483521028
3484480259
3489900939
6
71103
3507896446
3521644928
3522465349
3524084294
8
70374
3542025158
3555771090
3556427791
3561660597
8
70797
3579403496
3592834690
3594179773
3599377761
5
70493
3617292512
3631036262
3631932853
3637350647
5
70037
3655213776
3668934062
3669355931
3674506141
7
70456
3692399132
3706046638
3707142335
3712509231
6
70109
3730152800
3743624980
3744573685
3746217167
11
70020
3763916626
3777350590
3778369909
3783857055
12
70233
3801620554
3815188380
3815961727
3817602661
13
69832
3835478196
3849079146
3849716957
3855081047
5
70007
3872982120
3886697590
3887210453
3892294139
6
70000
3909854132
3923192930
3924590339
3926245003
8
69931
3943915360
3957374450
3958345133
3963376015
10
69444
3980907728
3994147008
3995362227
3997002987
12
69308
4014469336
1.17647058823529e-09

0

Loading data, please wait...