Spike exchange methods for a Blue Gene/P supercomputer (Hines et al., 2011)

 Download zip file   Auto-launch 
Help downloading and running models
Accession:137845
Tests several spike exchange methods on a Blue Gene/P supercomputer on up to 64K cores.
Reference:
1 . Hines M, Kumar S, Schürmann F (2011) Comparison of neuronal spike exchange methods on a Blue Gene/P supercomputer. Front Comput Neurosci 5:49 [PubMed]
Model Information (Click on a link to find other models with that property)
Model Type: Realistic Network;
Brain Region(s)/Organism:
Cell Type(s):
Channel(s):
Gap Junctions:
Receptor(s):
Gene(s):
Transmitter(s):
Simulation Environment: NEURON;
Model Concept(s): Methods;
Implementer(s): Hines, Michael [Michael.Hines at Yale.edu];
/
Hines2011
dat
t0perf18.10k.16K.80.549+.21.0
t0perf18.10k.32K.80.549+.21.0
t0perf18.10k.64K.80.549+.21.0
t0perf18.10k.8K.80.548.2.0
t0perf19.10k.16K.80.549.9.0
t0perf20.10k.32K.80.549+.9.0
t0perf21.10k.64K.80.549+.9.0
t0perf21.1k.16K.80.549+.15.0
t0perf21.1k.32K.80.549+.15.0
t0perf21.1k.64K.80.549+.15.0
t0perf21.1k.8K.80.547+.3.0
t0perf21.1k.8K.80.548+.0.0
t0perf21.1k.8K.80.549.10.0
t0perf22.10k.128K.80.576+.1.0
t0perf22.1k.16K.80.549.3.0
t0perf23.1k.32K.80.549+.3.0
t0perf24.1k.64K.80.549+.3.0
t1perf18.10k.16K.93.549+.23.0
t1perf18.10k.32K.93.549+.23.0
t1perf18.10k.64K.93.549+.23.0
t1perf18.10k.8K.93.548.4.0
t1perf19.10k.16K.93.549.11.0
t1perf20.10k.32K.93.549+.11.0
t1perf21.10k.64K.93.549+.11.0
t1perf21.1k.16K.93.549+.17.0
t1perf21.1k.32K.93.549+.17.0
t1perf21.1k.64K.93.551.60.0
t1perf21.1k.8K.93.547+.5.0
t1perf22.10k.128K.93.576+.2.0
t1perf22.1k.16K.93.549.5.0
t1perf23.1k.32K.93.549+.5.0
t1perf24.1k.64K.93.549+.5.0
t1perf25.1k.128K.93.576+.3.0
t2perf18.10k.128K.94.577.11.0
t2perf18.10k.16K.94.549+.22.0
t2perf18.10k.32K.94.549+.22.0
t2perf18.10k.64K.94.549+.22.0
t2perf18.10k.8K.94.548.3.0
t2perf19.10k.16K.94.549.10.0
t2perf20.10k.32K.94.549+.10.0
t2perf21.10k.64K.82.552.0.0
t2perf21.10k.64K.86.549+.7.0
t2perf21.10k.64K.90.549+.31.0
t2perf21.10k.64K.94.549+.10.0
t2perf21.1k.128K.94.577.12.0
t2perf21.1k.16K.94.549+.16.0
t2perf21.1k.32K.94.549+.16.0
t2perf21.1k.64K.94.549+.16.0
t2perf21.1k.8K.94.547+.4.0
t2perf22.10k.128K.94.576.2.0
t2perf22.1k.16K.82.551+.0.0
t2perf22.1k.16K.86.550.0.0
t2perf22.1k.16K.90.552.0.0
t2perf22.1k.16K.94.549.4.0
t2perf22.1k.16K.94.550.0.0
t2perf23.1k.32K.94.549+.4.0
t2perf24.1k.64K.94.549+.4.0
t2perf25.1k.128K.94.576.0.0
t3perf18.10k.128K.83.577.10.0
t3perf18.10k.16K.83.551.60.0
t3perf18.10k.32K.83.551.61.0
t3perf18.10k.64K.83.551.62.0
t3perf18.10k.8K.83.551.60.0
t3perf19.10k.16K.83.551.62.0
t3perf20.10k.32K.83.551.63.0
t3perf21.10k.64K.83.549+.32.0
t3perf21.10k.64K.87.549+.6.0
t3perf21.1k.128K.83.577.13.0
t3perf21.1k.16K.83.549+.40.0
t3perf21.1k.32K.83.551.60.0
t3perf21.1k.64K.83.551.61.0
t3perf21.1k.8K.83.551.61.0
t3perf22.10k.128K.83.576+.0.0
t3perf22.1k.16K.83.551+.0.0
t3perf23.1k.32K.83.551.62.0
t3perf24.1k.64K.83.549+.24.0
t3perf24.1k.64K.87.542.0
t3perf25.1k.128K.83.576.1.0
                            
NEURON -- VERSION 7.2 twophase_multisend (549+:08f55733e693+) 2010-12-15
 '--prefix=/home/hines/neuron/replay' '--with-nrnpython' '--enable-bluegeneP' '--with-paranrn' '--with-multisend=allreplay' '--host=powerpc64-suse-linux' 'BG_BASE=/home/hines/BGP/IBM_V1R4M2/bgp/comm' 'BGlinux=/bgsys/drivers/ppcfloor/gnu-linux' 'CC=/home/hines/BGP/IBM_V1R4M2/bgp/comm/comm/bin/mpixlc' 'CXX=/home/hines/BGP/IBM_V1R4M2/bgp/comm/comm/bin/mpixlcxx' 'host_alias=powerpc64-suse-linux'
/gpfs/home/hines/perf1/powerpc64/special -mpi -c runs=1 runs.hoc
methodinfo 80
nhost 65536
MemSize 536870912
UsedMem 236337448
FreeMem 300533464
use2interval = -1
ncellpow = 24
ncon = 1000
nconrange = 100
mininvl = 20
maxinvl = 40
ranoffset_ = 1
connect_random_low_offset_ = 1
run_random_low_offset_ = 2
n_xcell = 0
use2phase = 0
burstfactor = 0.2
burstdur = 50
burstsize = 0
bgpdma = 0
compress_bufsize = 10
series = 1
binqueue = 1
selfqueue = 1
tstop = 200
spkfile = 0
done = 0
setuptime = 0.22
mkmodel_time = 7.4
setup_method_time = 2.91
set_maxstep_time = 0.22
stdinit_time = 0.17
runtime = 24.02
methodrun_time = 27.19
elapsed_time = 359.92
jobid = 0
seq = 3
@@@end header@@@
1207
228482994
228808909
237922759
0
0
237926393
238393042
238568048
246533493
0
0
246537293
246779239
247261737
255207371
0
0
255210917
255452174
255672300
263669947
0
0
263674021
263912874
264156769
272143095
0
0
272145913
272388622
272688277
280712967
0
0
280716541
280963976
281208705
289294919
0
0
289298649
289541348
289793141
297783059
0
0
297786733
298026498
298347047
306313899
0
0
306317053
306557714
306878395
314864063
0
0
314867917
315113430
315431721
323422491
0
0
323425981
323668462
323996491
331997851
0
0
332002953
332241858
332463751
340426179
0
0
340429929
340679180
340948515
348924587
0
0
348928701
349171358
349430819
357397507
0
0
357401781
357643302
357972663
365964683
0
0
365967969
366213536
366495303
374560975
0
0
374565077
374810042
375063655
383060739
0
0
383064141
383311748
383554263
391544307
0
0
391548125
391793526
392031415
400041187
0
0
400044449
400288170
400525837
408580093
0
0
408584057
408919070
409180727
540618731
17
839408
620538029
640726623
661289521
787666063
8
837892
867398213
887398175
888532439
1018681819
17
839475
1098597413
1118912495
1121403282
1249294295
14
838634
1329025433
1349001063
1351316269
1364736902
10
838826
1444196561
1463901657
1465320985
1478429486
14
839177
1558173463
1578295443
1578993825
1709867815
19
838575
1789506973
1809481259
1812211901
1825249986
3
838765
1905083957
1925342391
1926103169
2056762511
20
837868
2136321557
2156356673
2159030359
2292387795
8
839291
2372154457
2392338715
2395180315
2527841223
11
839421
2607817441
2628078011
2629356879
2642419040
14
838517
2722072653
2742104569
2742878083
2874257387
13
838900
2953966541
2973979523
2976446388
3104409937
14
838590
3184187041
3204338483
3205927723
3219258150
13
839695
3299125793
3319340395
3319917839
3333125420
15
838278
3412716425
3432637483
3433581955
3446680634
7
839926
3526638745
3546668723
3547075647
3675756655
14
838190
3755370297
3775443031
3778639427
3791913014
14
840334
3871639913
3891517145
3892662787
3905727850
11
837454
3985493405
4005548159
4006112867
4014842667
0
20992
4022279797
4023176699
4023292955
4031454057
1
62949
4044292847
4045952487
4046055153
4054284187
2
105383
4071235203
4073966731
4074061187
4082243715
4
146714
4102998229
4106704607
4106956703
4115124943
4
188676
4139606139
4144218639
4144600005
4180440266
2
230183
4208529505
4214079635
4214556247
4250995314
4
273229
4282875041
4289568519
4289832907
31457374
3
314564
67027979
74859927
74984643
111593130
8
355390
150584675
159327495
159461637
170355315
6
398983
213069265
222916227
223182282
260875600
5
439918
306819731
317413335
317955015
328971786
10
482267
378465473
389990315
390834979
431194550
10
523853
484394985
497175171
498501337
509843808
11
566272
566655555
580328987
580846589
592435646
7
607712
652848937
667574407
668157375
679954572
8
650231
743923817
759484155
760236047
772312980
7
692825
839981753
856730667
857270999
962846587
9
733633
1033826677
1051369827
1053401766
1245102839
15
776131
1319703959
1336961451
1352271993
1477679091
14
818065
1555623575
1575166197
1578111755
1590978334
14
818448
1669081405
1688650087
1689428938
1702092496
14
777951
1776783555
1795367907
1796362657
1808805474
11
739838
1880386137
1898163299
1898913854
1998008887
10
705576
2066707121
2083666619
2087306801
2099253574
7
671738
2164852247
2180760913
2182110745
2249174519
12
640342
2312929807
2327744367
2327810175
2387208563
10
609888
2447754357
2462349623
2469221736
2480647186
9
583500
2538903351
2552951091
2553738023
2597520098
8
558755
2653801403
2667558579
2668080505
2679220302
12
535114
2733303227
2746236763
2746976254
2786461566
5
513972
2838693063
2851133339
2853581277
2893831438
7
495077
2944407947
2956309343
2957183891
2968127186
4
479004
3017410505
3029006691
3029559753
3040498862
6
463710
3088367571
3099437611
3100280115
3138673700
4
451054
3185613157
3196566859
3197292939
3208204442
6
440563
3254303733
3265095655
3265512811
3276368344
10
431992
3321880953
3332521275
3332674694
3343511222
10
426755
3388389941
3398728047
3399377987
3410220998
8
422319
3454735641
3465015827
3465456596
3476358590
9
420747
3520729695
3530880555
3531502367
3569416938
4
439055
3615394505
3626081447
3626983150
3638043498
9
476970
3687269437
3698854015
3699256127
3739589594
7
511719
3791643423
3803995487
3806237301
3849849392
8
541948
3904491487
3917596291
3918812059
3930256618
9
566044
3987110713
4000841147
4001309828
4012859992
7
590030
4071804733
4086187427
4086585285
4098177820
5
607154
4158337733
4172852123
4173688533
4185399474
13
623515
4247003815
4261989039
4262731403
4274505822
11
635609
42259259
57590155
58082419
69945566
10
642969
133405033
149062287
149360542
240519717
8
648371
304351275
319924663
322433423
334324506
13
650697
398394637
414126557
414541383
507267903
6
649736
570974937
586403533
588353105
600326954
9
646280
663798291
679223739
680116491
692003694
8
639684
755231057
770862023
771132360
782977400
12
630575
845081337
860137639
861099213
872735718
10
618969
934099829
949116763
949477793
961184588
8
604581
1021082089
1035472335
1036419282
1096203123
6
587343
1154790029
1168996023
1175315691
1234607287
7
568624
1291614585
1305272809
1310935319
1370098063
10
549558
1425440433
1438631351
1443592971
1454827248
7
533123
1508668733
1521552927
1522124067
1533482464
11
519795
1586300175
1598922007
1599377225
1639905362
10
510677
1691760259
1703984363
1706677593
1746568734
9
503318
1797665757
1809688423
1812735795
1824039374
9
498617
1875109411
1887246595
1887685498
1928524330
6
496969
1979291265
1991314739
1992755409
2034649274
5
497423
2085341867
2097226131
2098009833
2109198138
11
501224
2160422473
2172606959
2173244545
2215911002
6
506488
2267501525
2279697011
2280194329
2291387006
6
513743
2343671397
2356113127
2356632771
2367908482
5
520337
2420873789
2433638595
2433818580
2477199614
9
528517
2530712957
2543534883
2544833919
2556180842
9
535837
2610533637
2623707115
2623807053
2682657783
6
545105
2737837527
2751242263
2755735370
2767295304
15
555842
2823172561
2836618127
2837235519
2848694090
5
565837
2905248525
2918796167
2919731795
2931300580
6
573738
2988654897
3002422579
3003035005
3014649942
5
583144
3073013321
3087250131
3087543095
3146686963
7
588664
3205567505
3219952899
3226049655
3237764072
13
595481
3296826941
3310993627
3311936975
3371335647
9
601109
3431097029
3445646911
3452478246
3464221626
15
603397
3524154813
3538679131
3539197745
3598659679
7
603333
3658735723
3673369395
3680018827
3691697862
11
600971
3751395905
3765973903
3766396467
3832029191
13
595273
3891277819
3904897625
3905747873
3965152719
7
591340
4023964943
4037837735
4044608403
4056242278
6
584732
4114414225
4128364883
4129289923
4188457171
6
577692
4246079241
4259865067
4266095741
4277597966
5
571978
39902281
53798619
54223397
118718794
11
565091
175587869
188638831
189144583
253247163
14
558697
309471205
322526027
323139405
387066327
15
550982
442633409
455303063
455975249
467335712
9
545188
522289505
535490627
536026383
577527976
9
540613
632016105
645034519
648851267
692747030
10
535596
746695825
759501731
760903125
772237422
5
532895
826109711
838990463
839598359
850889022
7
531127
904565891
917322951
918169805
959958858
9
531554
1013784255
1026609027
1029192659
1071421022
9
529964
1125221951
1138235403
1140083427
1151326344
7
533047
1205259477
1218105771
1218718635
1262981110
4
535399
1317214045
1330263727
1330459175
1374613682
6
539130
1429173743
1442335743
1443079477
1484841650
7
543158
1539750153
1552993527
1556578496
1568006500
10
547553
1623039173
1636157815
1636948079
1648279866
10
552870
1703884013
1717289211
1717841201
1776751391
8
558309
1832717475
1846084469
1851688218
1911247555
7
564572
1967753141
1981239531
1986962645
1998486538
9
565967
2055484577
2069409731
2069492181
2128799803
6
570363
2185934689
2199764871
2205605807
2217119652
8
572436
2274419727
2288314759
2288734455
2300235358
7
574900
2357657325
2371518235
2372207819
2431066261
8
578170
2488726393
2502411495
2508653631
2567477251
6
577097
2625059097
2638828207
2645052101
2656699906
13
577974
2714237599
2728000503
2729083201
2787932371
8
576978
2845570441
2859434863
2865260783
2876762482
9
575665
2934305677
2948273687
2948897919
3013376287
16
573150
3070932801
3084153431
3084641473
3143368931
7
571952
3200575821
3214277169
3220169287
3278919155
7
568349
3335868477
3349629955
3355116075
3413754275
7
565993
3470380427
3483742279
3489744933
3501264038
12
563275
3557781201
3571394343
3571933666
3630816207
7
556831
3686692313
3700086547
3705505927
3716897674
12
556319
3772693073
3786122691
3786744543
3798241298
12
554017
3853963969
3867418895
3867876435
3879257610
9
550603
3934527601
3947746671
3948493665
3959820976
12
548833
4015102473
4028419755
4028892009
4087740479
6
546986
4142975929
4156295099
4160857515
4172219374
8
546886
4227098825
4240087903
4241057353
4901707
7
548720
60098043
73275591
78347474
141681583
12
547516
197133933
210190199
210376803
252475130
5
546243
307499701
320787283
323972499
335450850
9
549767
390737895
403983263
404623761
463472379
5
551321
518999453
532285583
537188753
548635486
4
552350
604120745
617472627
618046399
629391238
14
553849
685048275
698460399
698962089
710405294
9
556036
766294909
779804447
780216427
791599826
7
557148
847690497
861292655
861570511
920305011
8
560086
976597733
990203919
995268877
1006733238
10
561058
1063024267
1076566179
1077129887
1088615626
5
563508
1145088775
1158653603
1159243893
1217949603
7
565224
1274538273
1288128287
1294023031
1358110063
11
566760
1414874769
1428219895
1428976219
1487890319
8
567768
1544858065
1558644819
1564008845
1622805243
10
567736
1679510797
1692917185
1699017971
1757821903
7
567316
1814470121
1827785901
1834001226
1892682175
9
567548
1949623129
1963331227
1968981179
2027837119
6
565994
2084537487
2098176579
2103739923
2162790245
6
565401
2219391557
2232940755
2238693851
2250221134
13
563884
2306683445
2320238023
2320954791
2332491394
11
563702
2388956169
2402559503
2403256731
2466926719
11
562394
2523441739
2536589323
2537726451
2549167730
4
560069
2605262933
2618729335
2619378346
2678330795
10
559188
2734333337
2747614339
2753335539
2764728600
14
557566
2820534639
2833816271
2834845623
2893638443
9
556822
2949609503
2963025047
2968260959
2979701630
9
555929
3035704501
3049345183
3049587759
3060944778
10
555849
3116773293
3130215803
3130915067
3189549519
7
554358
3245455877
3258756087
3263623579
3275068670
3
554609
3330747037
1.17647058823529e-09

0

Loading data, please wait...