Interaction of leak and IMI conductance on the STG over broad temperature range (Stadele et al 2015)

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Accession:184404
The ZIP file contains a Hodgkin-Huxley based circuit model and the simulation environment MadSim used to study the interaction of leak and IMI on the gastric mill network of the crab (Cancer borealis) as represented in (C. Städele, S. Heigele and W. Stein, 2015) MadSim, the simulation environment used for this study, is freeware and included in the package.
References:
1 . Stein W, Straub O, Ausborn J, Mader W, Wolf H (2008) Motor pattern selection by combinatorial code of interneuronal pathways. J Comput Neurosci 25:543-61 [PubMed]
2 . Ausborn J, Stein W, Wolf H (2007) Frequency control of motor patterning by negative sensory feedback. J Neurosci 27:9319-28 [PubMed]
3 . Städele C, Heigele S, Stein W (2015) Neuromodulation to the Rescue: Compensation of Temperature-Induced Breakdown of Rhythmic Motor Patterns via Extrinsic Neuromodulatory Input. PLoS Biol 13:e1002265 [PubMed]
4 . Daur N, Diehl F, Mader W, Stein W (2012) The stomatogastric nervous system as a model for studying sensorimotor interactions in real-time closed-loop conditions. Front Comput Neurosci 6:13 [PubMed]
Model Information (Click on a link to find other models with that property)
Model Type: Realistic Network;
Brain Region(s)/Organism: Stomatogastric ganglion;
Cell Type(s): Stomatogastric Ganglion (STG) Lateral Gastric (LG) cell;
Channel(s): I MI;
Gap Junctions:
Receptor(s):
Gene(s):
Transmitter(s): CabTRP 1a;
Simulation Environment: MadSim;
Model Concept(s): Temporal Pattern Generation; Invertebrate; Neuromodulation;
Implementer(s):
Search NeuronDB for information about:  I MI; CabTRP 1a;
Reizdefinitionsdatei	// dateikennung, muss genau so geschrieben sein
Reizname=Musterreiz	// eine - in dieser datei - eindeutige bezeichnung fuer den reiz (reizdefinitionen)
0			// 0 = auto, hier werden alle folgenden strom-definitionen in diesem reiz beruecksichtigt
			// ist hier eine zahl angegeben, dann werden nur so viele strom-definitionen verwendet
			// 11 wuerde in diesem beispiel bedeuten, es werden nur die ersten 11 (also nur die positiven) verwendet 
0 0			// 1. Reizangabe, MUSS in der zweiten zeile unter "Reizname" stehen, KEINE leerzeilen dazwischen!!!
110 0.154		// jeweils zeit (in ms) und strom (in nA!!!),
111 0.293		// innerhalb einer reizdefinition sind kommentar-zeichen // erfordelich
112 0.404 
113 0.475 
114 0.500 
115 0.475 
116 0.404 
117 0.293 
118 0.154 
119 0.000
120 -0.154 
121 -0.293 
122 -0.404 
123 -0.475 
124 -0.500 
125 -0.475 
126 -0.404 
127 -0.293 
128 -0.154 
129 -0,000 
130 0 
140 0			// letzte reizangabe, endekennung: strom 2 mal 0

nach dem reiz wird alles bis "Reizname" mit folgendem = zeichen ignoriert (s.u.), braucht auch keine kommentarzeichen //
es koennen beliebig viele reizdefinitionen in einer datei stehen

Reizname=was kleines		
0
0	0
200	1
300	0.5
400	0
410	0


die zeitliche reihenfolge muss konsistent sein (sonst passieren seltsame sachen...). 
die zeit zwischen 2 strom-definitionen kann beliebig variieren, 
sie muss aber GROESSER sein als die schrittweite zum erstellen eines stromreizes 
(s. stromreiz-erstellen-dialog).  
als trennzeichen kann man BLANK oder TAB benutzen. 
alle strom-definitionen muessen fortlaufend entweder untereinander oder in einer zeile stehen, 
damit koennte der reiz "was kleines" auch so aussehen:
5
0 0 200 1 300 0.5 400 0 410 0
aber anders ist es besser lesbar

beim den BEIDEN letzten reiz-punkten muss der strom 0 sein ( = endekennung). 
deshalb darf der strom waehrend eines reizes NIE in zwei aufeinanderfolgenden angaben 0 sein!!!
als dezimalzeichen kann man punkt oder komma verwenden
die dauer des reizes kann hier laenger sein als die simulationsdauer, des machtnix, 
damit wird madsim fertig

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