ModelDB is moving. Check out our new site at https://modeldb.science. The corresponding page is https://modeldb.science/267018.

Efficient simulation of 3D reaction-diffusion in models of neurons (McDougal et al, 2022)

 Download zip file 
Help downloading and running models
Accession:267018
Validation, visualization, and analysis scripts for NEURON's 3D reaction-diffusion support.
Reference:
1 . McDougal RA, Conte C, Eggleston L, Newton AJH, Galijasevic H (2022) Efficient Simulation of 3D Reaction-Diffusion in Models of Neurons and Networks Front. Neuroinform.
Model Information (Click on a link to find other models with that property)
Model Type:
Brain Region(s)/Organism:
Cell Type(s):
Channel(s):
Gap Junctions:
Receptor(s):
Gene(s):
Transmitter(s):
Simulation Environment: NEURON; Python;
Model Concept(s): Methods; Reaction-diffusion;
Implementer(s):
PK!71��{�[Content_Types].xml �(��TKo�0�O��r�h`�i�(�8nH���h�(6�����4�K�&�����NV�8��A�	��ic�L|�>z�"ARV��Y��P�G�w���&m1���
���`��p�QĿ��^�U�|���d�,���b4|�B-kJ�׼�U27V$��{-U&�����P���I���A�|�0t�>��XPS�>fS bc(�Q�5^F�s�rd������O0�'�]�⾸�hH&*Чjػ\��Dž�ܹEz������2v����2.�i�E��=2~��a:�65��A��+@O��������])Ws΀�v�u�#�9~~ғ�<��py�O���y�@��X�y�\]vhg�}�[�:���PK!�U0#�L_rels/.rels �(���MO�0��H�����ݐBKwAH�!T~�I����$ݿ'T�G�~����<���!��4��;#�w����qu*&r�Fq���v�����GJy(v��*����K��#F��D��.W	��=��Z�MY�b���BS����7��ϛז��
?�9L�ҙ�sbgٮ|�l!��USh9i�b�r:"y_dl��D���|-N��R"4�2�G�%��Z�4�˝y�7	ë��ɂ�����PK!Z�x��xl/workbook.xml�U�n�8}_`���"R�Q
_�,�"h��D[�%R%��A��P���~I�5dR�P�gfΌ�_��qm���g#.KU	�-��땗bd,�k����������һ[�v�)pmm���)k�2s�:.��Q�e�z�NsV��s�6~@H�LH|D��K0�f#J�Pe�ri� �7�}S�Όhm����]�y�j;�����(Fm�_n����4B
WJ`Ɠ�trT+J����3����O��ħ�Nc�2����N�>��������g0J�������?D�����|#��(]ĺ�k]��f��WN`������f�h��$���$�+�*�a}c�A�#<TFgA�v�0���Z2��JZ��_��{^+P8zϿ�Bs(,��
#+svk���Q�����G�������U���^
����Z�^+���ݨ�v�5�T�NK�7t�J�qd|��52@\�6��Fp�x���� [��걘/!tr#K�ӛ�tMWa{�-�p����4�z+A��8I�7pF�y�Xo�G!8�����[v-�佨�i<�ǟ��_����9�Z�'���Y2n����Ծ��$B���uBRpr?X?���΢����k.��c�W:p�
�0_͖�$
�,X/L���M�ěͧQ���4M�@�����[��0#9���o)4q71�H��}Y�!��k%kJп���%A�v�}c�0��У!�&$=��D@/�4��<\�(Y.��ȥ�}���C��Dzf�^kV��S��of̀��_����ߺ���PK!�>����xl/_rels/workbook.xml.rels �(��RMK�0���0w�v�t/"�U�ɴ)�&!3~��*�]X�K/o�y���v�5���+��zl�;o���b��G�����s�>��,�8��(%���"D�҆4j�0u2js��MY�˴���S쭂��� �)f���C����y��	I<
y���!+��E���fMy�k�����K�5=|�t ��G)�s墙�U��tB��)���,���f�������PK!:`�f�	�/xl/worksheets/sheet1.xml���n�8���w0t[��Rg�>����`0=�{��r"�my%�ԃ}�-D��� ����X"���T�7���w�ײi��0����F�a]o�������U�ڮ8l�]}(g�G�z����o7ou�}.�n��{���dҮ��}ю�cy��m���6O��ؔ�F4��&��'�}Q<i����z����^���C'�4����sul{k��g������j]�`��U݇0������C��;�;���轁���Ljr�I�j��m���`y"��?�d�b�-����M�������bm+��gK�1>]��K��y���O�0�ZD��*��U�ǫ�(��,�h�%_���no6(�G5j����®�Л�ވ��|k��G]���ܕ뮄�0o�����nQ�v3o?�z�}]p1����+_���B�����~v|�DZ8����GX��.�]�Z��̃��^==w�i:(�6��� �-z��#=k�+F����i�l�5��v�gh8��b���Q.��f�)��ˮ��~�+yOaL�8}���|,�v
�cDZo���c��l���}�#8J�.>ߪM��8N�0��)��s�ٔ�Z��]���dD��
Xj�|*�a�F��c�v�����kLX�Oe%�!���� ,� �����(���h$q�{�9Se>�N��0���Oh�}�� L��T@�����A(��s62e>�
����X>g�wS�X&�Jj(;X��W�,���EW��4���"_���Űk_>�Ra��_x$�y-���3y��Qu<(�:f�q��u�]�4�B�ne�Ev]n��v�W>H��~l����dhL�����b�(f�����۞�o�%��L�,A�jpi=+S�Ӆ� #KID�јM?��,���~��B�J�A�3?H!�?d��c0:�ԕ��F����5rO ���dj��@R�X�´�/,o�����\V�b�Y�f ��B"��@�(	�ô"w�{a8:�@��|��)�~��� �`	)愆0}�k�k
ߔ��>S���E�15d8���0Dġ�G���������S�	q<�O)�S�9O�6�~�����GKp.�-��\.\�!+K��1g�?q�;b h��=O"��!�<���G1��({Ŝ�<���e䍵�ehV��
x�"l�p��D,�C��a��p���y���{�D��({�`ϣ��g��%�{�b�=�e�)Y������DL�,�n��`�#Z2Y`Ia�&ƒQ��b�dsB2��:;X��:X�>v3Ym��	p������}?�p�t�c�Dlq��+)�J����bN�J���*�ƽ�Q���4���+>i�H���D,�����Ǡ">M�.�(K��H1XE��*RV�bN��_�/xS�o�7
�3�rG�҂`���bL�њY)�z�G�6'GL�Xj2�&	a9I�IBXP:��e��D/yI��{���-�DN� |\*�\!���b,EQr��Q���9i9
��9�
r23tbwd�fDk����	m��M�R4�����b,��g�t_�芄�53��&;���G@�я��(�я�N�wQ
�Y9�$�ڜ��I��I������`��tWML��A>"��;ᓂ��IAN�� '|RЩ�����O]�I
�e�f�d��N�L�6��b�
1B��R���Fs�kf���zd�����>
r���S����ϗ�Oo��+��gIq���L��ۊ��C�v�K>as�q�3D�#v%��Q��E)�у귵�&��VF�]�����0K���sIqnM�0}�i/c
�ߴW�+C<�Qr�q%�#�#(MA)���A)蔠�l����p�s�����l㬍b,Aq�Fw�������q%r'xީ�Y.�:[&e��2)E��qC��=��33:q����:����8��se�8���b(��:�*J�Q���>�߫�ٲ;.JYrvQ
:������h�2�(N���<'w&���X��;�1�P����@D�d�a)��G
r����#,�8��tDk�c�S�\U[����w�S>� ~۱�]�1�)�h�T�}�p~u/3W6��#-a�H�S:N�5���O�֩U|e��M��`A0	���b,�p�FwŐ�o43�G�J24�w��%_�|构��ǡ�<���)���\��	��)"v���U�%~�'�M�R1�|8}��bȇ�7��#R%έ(�̖�NIo}$��>:���}�K�F��~>��O��%�d锬T��s�/G�N�WU�i�wNɽS��)�7tyJWؑ+Y^K����p����p
u[:~Ö�>�p��P/ꃺ��{q,���SuhG;���/��a��wV��p�V���{�;�]�{�k�%���m]w�e�{ٽGuS�EWqs|��k���k�P�zW��
��S��
y�U�\�����FL,\?���kG���ߟ�w�t�HӁ��;�p!Q_���?��PK!��N� xl/theme/theme1.xml�Y͋7��?sw�5�%���l��$d�����QV32��%9�R(���Bo=��@
��	$���'��#��$�lJZv
�G������~z�t�ҽ�zG�’�_�P�=��ؘ$Ӗk8(4|OH��e	n�,�K۟~rm����Dl��I9�*�����f8��&��H�#���ޘ+�R�#��^�bP{}2!#�
�J{��O�1�B
�(�W��%���òB���R�!��a�1;�{��(~h�%���/�V&D�YCn��2�L`|X�s���j� �Z{�_�\����Z��ҧh4�����:�n�a
P�ա�W�U���_]�����נT����E�A)>\Ç�f�g�נ_[��K�^P��kPDIr��.��jw��d����A��)�Q�
��RSLX"7�Z��2>�R$I���O����(9���%�o�&`�T)
JU��>���#��02��]`�XR�xb��L��+��7 /�={����=����_���*Kn%SS�Տ_����_�����7��'��Ŀ��˗���:����/�}����}��O�����!����c�&�a���?��0BĒ@�v����^[ ��u����X��<�kٺ�$���F��c�vw:ચ���p�Lݓ󹉻�Бk�.J���3�W�Rٍ�e�
���8��S��C���C���=2�L��������%Cr`%R.�Cb���e �����m�èk�=|d#a[ �0~�����h.Q�R9D15��d�2r�G&�/$Dz�)��c,�K�:��A�
��]�6�Kr�ҹ�3�=v؍P<s�L���~&!E�w�I|��;D=CP�1ܷ	���f"��j��'��e������t���e�<�ص͉3;:�ڻSt��{�>sX�a3���W"`��J�+��U��`e��k�)r�+e��m�goq�x(�ߤ�D�J]8�Tz��M�5���)��0���I�Yg�z�|]p+~o��`_�=�|j ����Qk�<a�
݂��\D��Zl؛6FV����ω�'�w�ws�[���:�(e�D��	�,kzh���p��s�yUs^�����f�^>�e�k��Z����Aj��|��&���O���3!���ŻBw}�ь0��Q�'�j�"��5�,ܔ#-�q&?'2ڏ�ZCe����L�Tx3&�c��u+�Э�N�x���Ng�������x)\�C�J��Z=�ޭ��~�TwY�(��aLfQuQ_B^g�^ٙX�tX�PꗡZFq�
0mx���E��A�A�f��c������
ΙFz�3��Pb/3 �tSٺqyjui��E�-#�t��0�0��,;͖�Yƺ���2O�b�r3�kE"'��&&S��;n��j�*#4k����x�#�[�S�vI�n�wa���D�:\�N�1��{��-_-�
4��m+W�>Z�@+�qt;�x2�#i��Q�N��S�p�����$�½���:�7�XX/+�����r��1������w�`�h׼��9��#:�Pv��d��5����O+Oٚ���.<����O�7��si�g��*��t��;�
��CԲ*�n�N-r�k.��yJ���}��0-��2MY�NÊ��Q۴3,O�6�muF8=�'?ȝ�Zu@,�J����ܼ�fw�<zp8�R�PBo�#(��Ȕ6`�ܓY�߼9'-�~)l�J�-�a�T�R����vV���\�u*�`�Q\���\a�Evi���.���-ͅ��L_�����\�|q� ���ʠYmvj�f�=(�N����:�^�[�
zݰ�<�#
��nP�7
�r�[j%e~�Y��J;����� +c`�)}d��j�����PK!%�F9�
xl/styles.xml�X�o�6��A�H�mX�j'
�]и�^i���P�@ѩ�a���(ɖӤ��3����w��'��[�z��bRĶ���̘X���Y��m��Dd�KAc{C+����_F��pz��T[ BT��Ժ�n�.iA�YR_r�
�a�nU*J�
�
���s„]K�!B
��W��ʢ$��gzcd�V�?,�Td���Ij���
��j71���)X�d%s}r]��,������;I �4I~�z���ku���U����(�BWV*WB�v@��{!��?���U�Q��z (��G��RY\�3A
Z����Ნ�ojr���f]���HtG������Q��5���4���	�#�hM�H`b5�٦�H�ڲf�OV/��A�ap͆��\���
���4q�k�Q����,�w.����2FR��m9���R�� ���i��-�*�B�bJ�E;E�a-����=���ɇ��L)K��7��3X��M�޻�{���]�[%5M����1]W�Zǎz�6�����ΟV�8�Z�&e�,��O-�Ӫ�S����u�}:���=Ԫ�uU+����p�g���f���O���6;B�N��T���L��`��Tl�?���c4���~��_q�&ޫ�u�T�Ny�+���d�۟0k9�M���+�5�z�ᖪJ`���pԧǖPd�]q�������w����!l��2X�c-�����R*�
[�T!dh@5K�T8���Z�:<�KA�WE�̈́�����*���
��
��VK���L&�^�]'4��هи��o>0�E督����D/����aM��션��LVZ6���i�}�t��\�����9o�y����f6 �Ti|�2W�mo
LFs��z��ۻ�G��Uw�f�-{�ڈ������~�tM7�����R,�����6��N��M�NxI#gM��(�N����x�:/f/x/3|pS��a��UM5�6��v���Lj��S�]샠罏|�I.=�	{���{���D~p�'�Qu�G'��y���/t>jVP
�>�Y�
N���p[O�������PK!Mݸ�D�xl/sharedStrings.xml�Y�n#�}� hy�4���o����
[�B���! ��D"L�2�T���>Mʉ8ղ5z�8�꺜:U�:y��[�u7_-O�d�p�.�W����t�Ç�M��t9�.V��t��톯ξ��I�m��;�n6�_�F��m{7���]��V���oF����κ۶��-Flm�M����z�]nN�l�p�]�ݶ�O(���I7?;ٜ}��j�v'���ɨ|r��r���]-V7��o>���9���Ŷ��>��N�������f�p}��v�nV��_�of����%����[!I.�L1D���bd���9Y��Go���ǖ����F	u�S�ؑ���
�z��=��.� >Z�9Ǫ��ĜS
p�}EDl����@�BM�Z.G$��ppݑ�!#"�2����8E��'ON��#�6K�pvĮjI���D��&��g�i����P��V��Q
>��d���3B���ߘ����KN�!{d�*DI,�^��T%�Rd�l��K�u�(	BC��DU5y�q��ȃO��y+�t10��[�I��(3�ך��b"(�,�V�9WbL)1%�Q���N��=�Cm�JhXR)Q�ױ�!��"��$`�pb���*���3�*�@�jJ�J���}F�/�Fa#i)��+�
)�FR�6A	"��IBd@z�$����5��Ї�(����
��A� ��[<��J��2�-%�9���\����V��U~�P.�Fc[U4��}v��C�q�,��,b�a��T�NG K��IuN�
�U2�!SQc�Q�{o٣a��g���om���D�"���rR)�^���{U��Ph@����H%~ G5ߢCUP����V�+ȥ9z�3��
E��	舱z�A���W~jNIm�/	�:5���dha(�\O�]3�}׮C�fPu�3AA��a��tK�x�	��9!�M���K�gU5�U\�U�����{�������5��b�_^�τ�ݻ�͸a�s��wO�̔_u��k̚�v���,�k�iw��|>�R��"�8�-m�a�Xi����m�`7��f�ig/:���V���O�� Mj�mΛ�����6_��/����l6�苌��ɛ7����M�n6�������Gs�ZL������L�׾���e 8I};�q_�"�W��\�	~�nG��Wn�P]�����}���C����v~��a�k�Y̧��*�\4]#��Ъ^��նk'c�\N'��+�W��{jBC��Zu��ɤ��.ڙR�]�]ck�q�ت���7,�����]3�ͻ�Dz�ɏ�\�˛�m?�^,��Œ���dN *"�.�cvh��L}�J4�G�Ѩꤘ���?�{��\�I�ۃ�y���7�z7a24���4
m2G���ɣ�
v�2Y8HQg���O�&)֬%���Ǒ�Rҗ��aM�b�
�J����Л�A�ޟ�J��8�ɚ��^�G��B:	b�)R"'{%�<�i�������c��@@Ym�`�0��J�� �P6T"ØJˣ��U��.��}į���8D?q��&t�y�}���J1Ų�a�'ԙm0�`�|&�y�����Kʴ��GA�.GP��%u���u*�Ȉ!�ah2I�ar�N�@�ӱ0N.c�,W�����X�Ġ��Q�a�5���_�_KᲦlr�;11��HT
Q�:�X�te��>,<و����0I�m#)��`�?dQ����O��$�)}Xe�Gn��D%��/�i��j1A'�1�����G�_)��Q���G���\a���H�>���[�4�6=SY	8��/(Z�B�2$)��������!�6\2����N���mRj�ɣ��k����2Wl���GK�L��B���g�%�M�H�m�&I����r���ݪ�����is{c�U>��$��!=��[�qQ��
�q�����4�q�.5y�O�כ�4�"w�����rm����(�8�H�B:J�ft��õKBgH��b��� |��nܾ2#��(k��4
�+O@GVkJ�S��aa˜vx�)���;O\�2�������r���PK!A��`��#xl/worksheets/_rels/sheet1.xml.rels���N�0@�H�C�;I�Bh�.iW�n�:Ql�{�v��$.�,����}-���"1���6`�C�#���w`D�{���	�ۛ�ͨuH���T
��I5?:'a�ŦL\;C*jM��2�w�m��ޕ��VL��=�}�s8��ov��)���X��p�Ǚ*�H���sEΡ�U�u��?=r��T^I�ZVF=w����Gҭ>�}��PK!�_fV��'xl/printerSettings/printerSettings1.binrdHa�gHbHeP``papc 
0�0��a����������W>G
��g����7�0I��%@��PD��ؔ3BA4���j�<�)P�B4#$�|ud`a�����m0	&�of�g�ss������?��#�}7j�`
R�}����!^ ?0,�i���N.��\�+29>Xj$2�K�D`ّ2�8Gp����PK!q��I�6xl/tables/table1.xml���n�6������ʈ](#N@�"t&�ɴ{Ţma$Ѡ�Ğ���#'����l���s�����k�'����\�00���M���}Ո��૾�Zۛy�7Cx{��/׾zlM��a���̢hX�MW
Wvcz�ei]Wy��VѰq����1�k#�quUӇ/
�n���r߶��ݦ��c�6~�
�n1�[�֍Q�Ýv�����;�Y8;إ���.��¼��đ3O�X���I�t҂��j
�n�?��E��1^
kF����&L��2��
��� ��c�p�n�M[����Y�CAfR�x�v�b����ͭ+_���n��7���[ݴ޸����-�������U������ZWӟ�\�f���)l_7��d&1DS7/-l���!X�m�_S>8��c#�k'ʜ�2�9R9�Q�L@A9��$��L�:�۽�aΊ��8~Dб�oA�\h�+�F�P	V�(�J(�S�y<!>[�Y�֮�g��%?�`�3��@$.�c�!���"�4Ui�(;Z�m����S�n��GP���j4��/�s��Y�q��2c,Eq�J$r��"K�$2�	>ژ�o���Xz	�%3&4f�k�P\c���,s�
E�X�8|3��`���(�%JrJI�X@�`2�ʘJ���%/9f�T�z<W���y{�I.a�S�gq"�		T��qI3DM�cLi1a���A*��6g��(;��s�s��`��`Hr�"�
�$OS��	t�dH���;�܏^��������Y�-H�$A�))2��ۡj���hđ����+�>K�^J��n;b5VEL4C,Q�
	�%(�ꖌ0��I>a�Ò����l�&"�$�7tQi�r�0D+��T„���?�=�����zy�����K{�,?5���e0��׍`_�[��dzOջ����x�!��_/��ӓ8n���PK!��5=QudocProps/core.xml �(���MN�0��H�!�>���B�$�TB��β_[C�X���	8w�{�$mj,��y���x#�`ƊJ�(�
@������l^��:�8-+9ڂE���$c:e��{Si0N�
<Iٔ�-��)Ɩ-ARy���2�:4�){��	!C,�QN�50�퐜uH�n���$(gq�����H{t�QzN)�V�N��}6g�ع7Vt��z�M�?��ӻ��j(T�+��8K��*S�RE�Z�W��	+����\����M�������ġ˿�Tj��i[i�<
��gT$$�C2�hF�4�d�R��3_�n/�.ʿ�gz�#�E�>J���PK!aI	�docProps/app.xml �(���Ao�0����9�P��bHW�a��gM�c��$����׏����z��{x�DI�:_���P��k��x��]~�	��1@%���F_|R�dr�G�DK�VR�m�3�`9�����6�elg�6ڗɫ���p 5ԗ�(��UO
����qwL�շ���������9bl��~������`_���.���jk��5��x%��̰��q��iՃ��txmW��m�J�&;���Ԍ�OHY?���-��l��c9��k�E/G��!`a�q���j6&�;��9��0�N8ہo:s�7^�O�'{�d‘�S�Åg|H�xk^�y>T��d��N�>
�=o2�!dݚ�����0<������zQ~.�]g3%������PK-!71��{�[Content_Types].xmlPK-!�U0#�L�_rels/.relsPK-!Z�x���xl/workbook.xmlPK-!�>����
xl/_rels/workbook.xml.relsPK-!:`�f�	�/Rxl/worksheets/sheet1.xmlPK-!��N� ]xl/theme/theme1.xmlPK-!%�F9�
�xl/styles.xmlPK-!Mݸ�D�@"xl/sharedStrings.xmlPK-!A��`��#�*xl/worksheets/_rels/sheet1.xml.relsPK-!�_fV��'�+xl/printerSettings/printerSettings1.binPK-!q��I�6�,xl/tables/table1.xmlPK-!��5=Qu�0docProps/core.xmlPK-!aI	�V3docProps/app.xmlPK

h6

Loading data, please wait...